發(fā)明領(lǐng)域本發(fā)明涉及一種檢測(cè)農(nóng)場(chǎng)動(dòng)物衍生的產(chǎn)品中的dna-甲基化的方法。特別地，所述方法是一種用于檢測(cè)衍生自單胃家畜的產(chǎn)品中dna甲基化的基于dna陣列的方法?；赿na陣列的方法可用于確定動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的甲基化譜，其然后可用于幾種應(yīng)用，所述應(yīng)用確定動(dòng)物的原產(chǎn)地和福利，以及也確定動(dòng)物是否已暴露于抗生素等和/或屠宰動(dòng)物的方法。
背景技術(shù)：
：：0、發(fā)明背景1、隨著收入和教育水平提高，消費(fèi)者已顯示對(duì)他們所食用的食品的質(zhì)量產(chǎn)生了更大興趣，并且越來(lái)越更樂(lè)于為具有質(zhì)量、安全、可持續(xù)性和高動(dòng)物福利條件保證的肉產(chǎn)品支付溢價(jià)(wu等人foods?2021,10,2490)。這些質(zhì)量中的許多不能在視覺(jué)上評(píng)估，且因此經(jīng)由監(jiān)管機(jī)構(gòu)如歐洲食品藥品安全管理局(european?food?and?drug?safety?administration)和美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局(food?and?drug?administration)(fda)的食品控制提高了消費(fèi)者的信任。來(lái)自獨(dú)立檢定機(jī)構(gòu)的清楚、簡(jiǎn)單的食品標(biāo)示為消費(fèi)者添加了額外的保證水平。在肉產(chǎn)品上可能的食品標(biāo)示質(zhì)量中，地理原產(chǎn)地(geographical?origin)顯示受到所有消費(fèi)者的重視，不管其文化如何(wu?2021)。此外，一項(xiàng)多個(gè)國(guó)家(日本、美國(guó)、德國(guó)、中國(guó)和泰國(guó))內(nèi)10,000名消費(fèi)者的研究表明，與生產(chǎn)商、零售商或甚至管理機(jī)構(gòu)所作的聲稱相比，當(dāng)由科學(xué)專家檢定時(shí)標(biāo)簽更受信任(rupprecht等人foodandchemicaltoxicology?137(2020)111170)。2、經(jīng)由包裝上印刷的條形碼、快速響應(yīng)矩陣碼(qr?code)或在線鏈接的原產(chǎn)地可追溯性也已顯示進(jìn)一步提高消費(fèi)者的信任，并可能增加消費(fèi)者愿意為確保其肉產(chǎn)品原產(chǎn)地而支付的溢價(jià)。目前，可追溯性技術(shù)包括數(shù)據(jù)記錄和報(bào)告，其可由計(jì)算、人工智能和/或去中心化區(qū)塊鏈(decentralized?blockchain)支持。由于當(dāng)前的系統(tǒng)主要依賴于從農(nóng)場(chǎng)到餐桌的人報(bào)告鏈，所以存在許多由于錯(cuò)誤或故意欺詐而引入錯(cuò)誤消息的可能性。3、單一食品欺詐事件可招致消費(fèi)者對(duì)品牌信任的顯著喪失、召回、訴訟、收入損失以及在嚴(yán)重的情況下的甚至刑事指控(esteki等人comprehensive?reviews?in?foodscience?and?food?safety?vol.18,2019)。許多國(guó)家例如美國(guó)的fda具有確定何時(shí)將食品欺詐視為刑事犯罪的具體標(biāo)準(zhǔn)(jurica等人foods?2021,10,2570)。然而，盡管存在可能的利潤(rùn)損失以及使食品欺詐負(fù)刑事責(zé)任的法律體制，但食物產(chǎn)品的故意的經(jīng)濟(jì)利益驅(qū)動(dòng)型的摻假或貼錯(cuò)標(biāo)簽繼續(xù)是全世界的問(wèn)題。為了更好地支持消費(fèi)者對(duì)高價(jià)值肉產(chǎn)品的信任，存在對(duì)科學(xué)的、基于證據(jù)的測(cè)試的需要，其可靠且一貫地提供了諸如家畜和家禽的農(nóng)場(chǎng)動(dòng)物如何飼養(yǎng)和在哪里飼養(yǎng)的保證。4、到目前為止，存在幾種可用于分析肉產(chǎn)品的方法。例如，已經(jīng)通過(guò)經(jīng)由質(zhì)譜分析法測(cè)量同位素比率(zhao等人food?chemistry?145(2014)300-305)或確定樣品中的痕量元素指紋圖譜建立了原產(chǎn)地可追溯性技術(shù)。此外，可以使用基于pcr的技術(shù)實(shí)現(xiàn)肉產(chǎn)品的物種確認(rèn)。然而，需要在單個(gè)樣品上利用多種技術(shù)以獲得有關(guān)肉樣品原產(chǎn)地和物種的足夠信息，這給這些食物產(chǎn)品的驗(yàn)證過(guò)程增加了不必要的成本和時(shí)間。據(jù)我們所知，目前既沒(méi)有可靠的能夠確定家畜的健康狀態(tài)的用于肉檢測(cè)的技術(shù)也沒(méi)有屠宰前飼養(yǎng)動(dòng)物的福利標(biāo)準(zhǔn)。因此，尋求可靠的、基于證據(jù)的用于確定肉質(zhì)量的多種因素的技術(shù)，用于保證動(dòng)物衍生的食物產(chǎn)品的原產(chǎn)地、質(zhì)量、福利和可持續(xù)性。5、表觀遺傳學(xué)技術(shù)可為肉的明確、多目標(biāo)分析提供解決方案。dna甲基化是表觀遺傳學(xué)中最被理解的機(jī)制之一，且已知其通過(guò)動(dòng)物所暴露的環(huán)境條件的各個(gè)方面發(fā)生改變。因此，基因組上的甲基化模式可用于區(qū)分健康動(dòng)物和發(fā)炎動(dòng)物，例如(raddatz等人communications?biology,4:76(2021))。wo2022/023208也公開(kāi)了dna甲基化至少用于確定動(dòng)物的地理原產(chǎn)地。傳統(tǒng)上，尤其是對(duì)于非人物種的全局甲基化模式已通過(guò)使用全基因組亞硫酸氫鹽測(cè)序(wgbs)或簡(jiǎn)并代表性亞硫酸氫鹽測(cè)序(reduced?representationbisulfite?sequencing)(rrbs)從來(lái)自不同組織和/或細(xì)胞的提取的dna來(lái)評(píng)估。兩種方法都首先使用亞硫酸氫鹽處理步驟以將基因組中所有未甲基化的胞嘧啶核苷酸轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏?，從而使甲基化的和半甲基化的胞嘧啶核苷酸保持不?stevens等人genomeres.2013.23:1541-1553)。進(jìn)行下一代測(cè)序(next,generation?sequencing)，并對(duì)生成的序列進(jìn)行處理(與參考基因組比對(duì))和分析，以顯示各個(gè)cpg位點(diǎn)的甲基化差異。wgbs覆蓋了全基因組上的cpg位點(diǎn)，而rrbs僅覆蓋基因組所有甲基化位點(diǎn)的3-4％，但代表了動(dòng)態(tài)甲基化的區(qū)域的cpg位點(diǎn)的85％(illumina?field?guide?to?methylation?methods,2016)。這些技術(shù)雖然信息量很大，但昂貴、耗時(shí)且是計(jì)算密集型的，從而不允許快速的周轉(zhuǎn)時(shí)間。6、因此，本領(lǐng)域中需要改進(jìn)的高流通量、有成本效益的、可靠、有效且穩(wěn)健的方法，以通過(guò)小量dna樣品確定飼養(yǎng)動(dòng)物的原產(chǎn)地和福利標(biāo)準(zhǔn)。7、發(fā)明描述8、本發(fā)明通過(guò)提供基于陣列的方法以通過(guò)使用dna-甲基化概況分析(profiling)來(lái)確定生物的原產(chǎn)地、福利和幾種其他飼養(yǎng)條件來(lái)解決上述問(wèn)題。基于dna-甲基化的陣列允許高流通量和穩(wěn)健的方法，以通過(guò)提取的感興趣的dna的小樣品來(lái)確定半定量/定量dna-甲基化信息。這些專門設(shè)計(jì)的(custom?designed)陣列可使用illumina?iscan和infinium平臺(tái)技術(shù)或其等效技術(shù)，其允許在每個(gè)芯片上例如與dna-甲基化探針共價(jià)結(jié)合的100,000種不同的珠類型。每個(gè)探針代表探針序列末端的一個(gè)cpg甲基化位點(diǎn)。dna樣品在陣列芯片上雜交之前經(jīng)歷亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)變、擴(kuò)增、斷裂、沉淀和重懸浮步驟。一旦在芯片上，dna就與每個(gè)cpg位點(diǎn)的珠雜交，從而使得可以通過(guò)單核苷酸延伸特異性地檢測(cè)每個(gè)位點(diǎn)的甲基化變化。這是尤其有利的，這是因?yàn)榛陉嚵械姆椒ㄊ呛?jiǎn)單的，并且基于甲基化的陣列的結(jié)果是準(zhǔn)確且可重復(fù)的。9、進(jìn)一步地，與可花費(fèi)數(shù)周以生成數(shù)據(jù)的傳統(tǒng)測(cè)序相比，陣列技術(shù)具有短得多的周轉(zhuǎn)時(shí)間。與測(cè)序相比，生成的數(shù)據(jù)量和復(fù)雜性較小，從而使得其計(jì)算強(qiáng)度較低。這允許更快的計(jì)算以從實(shí)驗(yàn)組獲得可解釋的結(jié)果?？偟恼f(shuō)來(lái)，微陣列技術(shù)速度是傳統(tǒng)測(cè)序的約10x且價(jià)格是傳統(tǒng)測(cè)序的約1/10，而仍然可以定量特定cpg位點(diǎn)的甲基化水平。因此，甲基化陣列技術(shù)提供了快速且靈活的系統(tǒng)，其可用于許多應(yīng)用，從而允許表觀遺傳學(xué)研究的可擴(kuò)展性，以及基于dna-甲基化的解決方案對(duì)于沿著食品價(jià)值鏈的商業(yè)化。10、由于歸因于不同的環(huán)境條件可發(fā)生cpg位點(diǎn)的甲基化變化，所以基因組中的甲基化模式可用于確定動(dòng)物如何飼養(yǎng)和在哪里飼養(yǎng)的方面，例如地理位置、健康和某些飼養(yǎng)標(biāo)準(zhǔn)，其可以確定肉的分類，如高動(dòng)物福利、有機(jī)、按猶太教食規(guī)清潔可食的食品(kosher)或清真(halal)。根據(jù)本發(fā)明的任何方面的基于dna陣列的方法包括結(jié)合特定cpg位點(diǎn)的探針，所述特定cpg位點(diǎn)具有來(lái)自不同位置和飼養(yǎng)標(biāo)準(zhǔn)，以及也來(lái)自啟動(dòng)子、來(lái)自重點(diǎn)在免疫系統(tǒng)基因、飼料關(guān)聯(lián)基因、抗生素關(guān)聯(lián)基因、胸肌發(fā)育基因(肌病)等的候選基因的已知甲基化變化。根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法均可用于科學(xué)且明確地確定原產(chǎn)地、福利和其他肉質(zhì)量方面。11、如本文所使用的術(shù)語(yǔ)‘表觀遺傳變化’指對(duì)基因體(gene?body)或其啟動(dòng)子發(fā)生的化學(xué)(例如，甲基化)變化或蛋白(例如，組蛋白)變化。通過(guò)表觀遺傳變化，環(huán)境因素如飲食、應(yīng)激和產(chǎn)前營(yíng)養(yǎng)可以對(duì)從一個(gè)世代傳遞到下一個(gè)世代的基因產(chǎn)生印記。12、根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，提供了一種檢測(cè)和/或定量來(lái)自從測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品獲得的生物樣品中所含基因組材料的dna甲基化的方法，所述方法包括以下步驟：13、-將來(lái)自所述測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的基因組材料樣品與對(duì)于所述測(cè)試動(dòng)物物種特異性的dna甲基化陣列接觸，14、其中所述測(cè)試動(dòng)物為單胃家畜。15、如本文中所使用的術(shù)語(yǔ)“陣列”指有意創(chuàng)建的探針?lè)肿拥募?，其可以合成或生物合成地制備。陣列中的探針?lè)肿涌梢员舜讼嗤虿煌?。陣列可以呈現(xiàn)多種形式，例如，可溶分子的文庫(kù)；束縛于樹(shù)脂珠、硅芯片或其他固體支持物的化合物文庫(kù)。16、特別地，也稱為dna甲基化陣列或芯片的基于dna甲基化的陣列提供了方便的平臺(tái)，用于同時(shí)分析大量cpg位點(diǎn)，例如，至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、50、100、500、1000、5000、10,000、100,000個(gè)或更多個(gè)位點(diǎn)或基因座。特別地，陣列包括多個(gè)不同的探針?lè)肿樱淇梢愿街诨|(zhì)上或者在陣列中以其他方式在空間上區(qū)分。根據(jù)本發(fā)明的任何方面可以使用的陣列的實(shí)例包括載玻片陣列、硅晶片陣列、液體陣列、基于珠的陣列等。在一個(gè)實(shí)例中，根據(jù)本發(fā)明的任何方面使用的陣列技術(shù)結(jié)合了小型化陣列平臺(tái)、高水平的測(cè)定多重化(multiplexing)、以及可調(diào)節(jié)(scalable)自動(dòng)化用于樣品處理和數(shù)據(jù)加工。17、特別地，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的陣列可以是陣列的陣列，也稱為復(fù)合陣列，其具有被配置為允許同時(shí)處理多個(gè)樣品的多個(gè)個(gè)別的陣列。復(fù)合陣列的實(shí)例及其背后的技術(shù)至少在us?6,429,027和us2002/0102578中公開(kāi)。復(fù)合陣列的基質(zhì)可以包括多個(gè)個(gè)別的陣列位置，其各自具有多個(gè)探針，并且各自與相同基質(zhì)上的其他測(cè)定位置物理分離，從而使得防止與一個(gè)陣列位置接觸的流體接觸另一個(gè)陣列位置。每個(gè)陣列位置可以有多個(gè)不同的探針?lè)肿?，其直接附著至基質(zhì)或者經(jīng)由孔中的剛性顆粒(本文中也稱為孔中的珠)附著至基質(zhì)。18、在一個(gè)實(shí)例中，陣列基質(zhì)可以是纖維光學(xué)束或束的陣列，如us6,023,540、us6,200,737和/或us6,327,410中所述的。光學(xué)纖維束或束的陣列可以使探針直接附著至纖維或經(jīng)由珠。本領(lǐng)域技術(shù)人員將能夠容易地確定哪種基質(zhì)將最適合于根據(jù)本發(fā)明的任何方面的陣列。wo2004110246進(jìn)一步公開(kāi)了可用于根據(jù)本發(fā)明的任何方面的陣列的其他基質(zhì)和將珠附著至基質(zhì)的方法。19、在一個(gè)實(shí)例中，基質(zhì)的表面可以具有物理改變，以使得能夠附著探針或產(chǎn)生陣列位置。例如，可以對(duì)基質(zhì)的表面進(jìn)行修飾以含有化學(xué)修飾的位點(diǎn)，所述位點(diǎn)用于共價(jià)或非共價(jià)地附著探針?lè)肿踊蚓哂懈街奶结樂(lè)肿拥念w粒。探針可以使用本領(lǐng)域已知的多種方法的任一種來(lái)附著，包括墨水噴射印刷方法、點(diǎn)滴技術(shù)、光版印刷合成方法或利用掩模(mask)的印刷方法。wo2004110246更詳細(xì)地公開(kāi)了這些技術(shù)。20、在一個(gè)實(shí)例中，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的基于dna甲基化的陣列可以是基于珠的陣列，其中珠與固體支持物例如可從illumina,inc.(san?diego,calif.)商購(gòu)獲得的那些締合。根據(jù)本發(fā)明的任何方面有用的珠陣列還可以是流體形式，例如流式細(xì)胞儀或類似設(shè)備的流體流。用于區(qū)分珠的可商購(gòu)獲得的流體形式包括，例如，來(lái)自luminex的xmap(tm)技術(shù)或來(lái)自lynx?therapeutics的mpss(tm)方法中使用的那些。21、在另一個(gè)實(shí)例中，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的基于dna甲基化的陣列可以進(jìn)一步包括-至少一個(gè)對(duì)于第一動(dòng)物物種的至少一個(gè)單核苷酸多態(tài)性(snp)特異性的探針?lè)肿?；以?至少一個(gè)對(duì)于第二動(dòng)物物種的至少一個(gè)snp特異性的探針?lè)肿印?2、這些對(duì)于snps特異性的探針可用于snp基因型分型，其是物種成員之間的snps的遺傳性變異的量度。特別地，snp是通常由兩個(gè)在進(jìn)化期間保守的等位基因組成(其中稀有等位基因頻率>1％)的特定基因座處的單個(gè)堿基對(duì)突變。這些探針使得能夠鑒定物種，特別是物種的品種。特別地，當(dāng)將dna樣品引入到根據(jù)本發(fā)明的任何方面的陣列中時(shí)，這些對(duì)snps特異性的探針可用于確定樣品是否來(lái)自在陣列上發(fā)現(xiàn)的第一和/或第二動(dòng)物物種，以及是否存在已污染了所述dna樣品的來(lái)自除所述第一和第二動(dòng)物物種之外的另一物種的dna。23、如本文中所使用的術(shù)語(yǔ)“固體支持物”、“支持物”和“基質(zhì)”可互換使用，且指具有剛性或半剛性表面或多個(gè)表面的材料或材料組。在許多實(shí)例中，固體支持物的至少一個(gè)表面將基本上是平的，盡管在一些實(shí)例中，可能期望使用例如孔、升起的區(qū)域、針、蝕刻的溝等來(lái)物理地分離不同化合物的合成區(qū)域。24、根據(jù)本發(fā)明的任何方面的dna甲基化陣列可以是非常高密度的陣列，例如，具有約10,000,000個(gè)探針/cm2至約2,000,000,000個(gè)探針/cm2或約100,000,000個(gè)探針/cm2至約1,000,000,000個(gè)探針/cm2的那些。根據(jù)用于在陣列上包括來(lái)自不同物種的大量cpg位點(diǎn)的本發(fā)明的任何方面，高密度陣列是尤其有用的。25、根據(jù)本發(fā)明的任何方面的dna甲基化陣列可用于如所期望的同時(shí)或順序分析或評(píng)價(jià)這種多個(gè)基因座。在一個(gè)實(shí)例中，多個(gè)不同的探針?lè)肿涌梢愿街粱|(zhì)，或者在陣列中以其他方式在空間上區(qū)分。每個(gè)探針一般對(duì)于特定基因座是特異性的，并可用于區(qū)分所述基因座的甲基化狀況。26、如本文中所使用的術(shù)語(yǔ)“探針?lè)肿印敝缚杀惶囟ò凶R(shí)別的表面固定的分子。陣列中使用的探針可以對(duì)于cpg位點(diǎn)的甲基化的等位基因、cpg位點(diǎn)的非甲基化的等位基因或者兩者是特異性的。27、如本文中所使用的術(shù)語(yǔ)“靶”指對(duì)給定探針?lè)肿泳哂杏H和力的分子。靶可以是自然產(chǎn)生的或人造的分子。同樣，它們可以在其未改變的狀況或作為與其他種類的聚集體使用。靶可以直接或經(jīng)由特定的結(jié)合物質(zhì)共價(jià)或非共價(jià)地附著至結(jié)合成員。根據(jù)本發(fā)明的任何方面可以使用的靶的實(shí)例是甲基化和非甲基化的cpg位點(diǎn)。在本領(lǐng)域中，靶有時(shí)被稱為抗探針(anti-probes)。在本文中使用術(shù)語(yǔ)靶時(shí)，意圖在含義中無(wú)差異。28、特別地，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的探針?lè)肿影c不同cpg位點(diǎn)互補(bǔ)的核酸序列。因此，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的陣列包括幾個(gè)不同或獨(dú)特的位置，其中每個(gè)位置包含與動(dòng)物物種的不同cpg位點(diǎn)互補(bǔ)的特定探針?lè)肿?。陣列因此包括多個(gè)位置，每個(gè)位置具有與動(dòng)物物種的不同cpg位點(diǎn)互補(bǔ)的特定探針?lè)肿?。特別地，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的陣列包括不同的位置，其中每個(gè)位置包含與至少兩個(gè)動(dòng)物物種的不同cpg位點(diǎn)互補(bǔ)的特定探針?lè)肿?。根?jù)本發(fā)明的任何方面的陣列因此包括具有特定探針?lè)肿拥牟煌恢?，其中每個(gè)探針?lè)肿优c來(lái)自至少兩個(gè)動(dòng)物物種的不同cpg位點(diǎn)互補(bǔ)。29、如本文中所使用的術(shù)語(yǔ)“互補(bǔ)”指核苷酸或核酸之間的雜交或堿基配對(duì)，如，例如雙鏈dna分子的兩條鏈之間的或寡核苷酸引物與要測(cè)序或擴(kuò)增的單鏈核酸上的引物結(jié)合位點(diǎn)之間的?；パa(bǔ)核苷酸通常是a和t(或a和u)，或c和g。當(dāng)最佳比對(duì)和比較的并有適當(dāng)?shù)暮塑账岵迦牖蛉笔У囊粭l鏈的核苷酸與另一條鏈的至少約80％的核苷酸配對(duì)時(shí)，通常至少約90％至95％，且更優(yōu)選約98至100％，兩條單鏈rna或dna分子被認(rèn)為是互補(bǔ)的。完全互補(bǔ)指序列長(zhǎng)度上100％的互補(bǔ)性。例如，當(dāng)在探針的長(zhǎng)度上探針和靶之間沒(méi)有錯(cuò)配的情況下探針的所有25個(gè)堿基都與靶的鄰接的25個(gè)堿基序列互補(bǔ)時(shí)，25堿基的探針與靶完全互補(bǔ)。30、如本文所使用的，“cpg位點(diǎn)”或“甲基化位點(diǎn)”是核酸(dna或rna)內(nèi)通過(guò)體內(nèi)自然發(fā)生的事件或體外實(shí)行以化學(xué)甲基化核苷酸的事件易受甲基化影響的核苷酸。在細(xì)胞中，這些位點(diǎn)中的一些可能過(guò)度甲基化，而一些可能甲基化不足。31、如本文所使用的，“甲基化的核酸分子”指含有一個(gè)或多個(gè)被甲基化的核苷酸的核酸分子。32、如本文所使用的，“甲基化的核苷酸”或“甲基化的核苷酸堿基”指核苷酸堿基上存在甲基部分，其中所述甲基部分通常不存在于公認(rèn)的典型核苷酸堿基中。例如，胞嘧啶在其通常形式下不含有在其嘧啶環(huán)上的甲基部分，但5-甲基胞嘧啶在其嘧啶環(huán)的位置5處含有甲基部分。因此，胞嘧啶在其通常形式下可能不被視為甲基化的核苷酸，而5-甲基胞嘧啶可能被視為甲基化的核苷酸。在另一個(gè)實(shí)例中，胸腺嘧啶可能在其嘧啶環(huán)的位置5處含有甲基部分，然而，為了本文起見(jiàn)，當(dāng)胸腺嘧啶存在于dna中時(shí)，可能不被認(rèn)為是甲基化的核苷酸。dna的典型核苷酸堿基是胸腺嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶和鳥(niǎo)嘌呤。rna的典型堿基是尿嘧啶、腺嘌呤、胞嘧啶和鳥(niǎo)嘌呤。相應(yīng)地，“甲基化位點(diǎn)”是靶基因核酸區(qū)域中甲基化具有發(fā)生的可能性的位置。例如，含有cpg的位置是甲基化位點(diǎn)，其中胞嘧啶可被甲基化或可不被甲基化。特別地，術(shù)語(yǔ)“甲基化的核苷酸”指攜帶甲基的核苷酸，所述甲基附著于核苷酸的易于甲基化的位置。這些甲基化的核苷酸通常出現(xiàn)于自然界中，且到目前為止，主要出現(xiàn)在二核苷酸cpg的背景中，但也在cpnpg-和cpnpn-序列的背景中的甲基化的胞嘧啶可被認(rèn)為是最常見(jiàn)的。原則上，其他天然存在的核苷酸也可被甲基化，但就本發(fā)明的任何方面而論將不考慮它們。33、如本文中所使用的“cpg島”描述的是包含功能上或結(jié)構(gòu)上脫離常規(guī)的cpg密度的dna序列區(qū)段。例如，yamada等人已描述了一組用于確定cpg島的標(biāo)準(zhǔn)：其長(zhǎng)度必須至少為400個(gè)核苷酸，具有大于50％gc含量和大于0.6的ocf/ecf比(yamada等人,2004,genomeresearch,14,247-266)。其他人已較不嚴(yán)格地將cpg島定義為長(zhǎng)度至少為200個(gè)核苷酸，具有大于50％gc含量和大于0.6的ocf/ecf比的序列(takai等人,2002,proc.natl.acad.sci.usa,99,3740-3745)。在本發(fā)明的上下文中，本文中使用術(shù)語(yǔ)“甲基化譜”、“甲基化模式”、“甲基化狀況”或“甲基化狀態(tài)”以描述基因組序列甲基化的狀況、情況或境況，并且這種術(shù)語(yǔ)指在與甲基化有關(guān)的特定基因組基因座處的dna區(qū)段的特征。這種特征包括，但不限于，所述dna序列中的任何胞嘧啶(c)殘基是否被甲基化、一個(gè)或多個(gè)甲基化的c殘基的位置、任何特定殘基序列段處甲基化的c的百分比以及歸因于例如等位基因起源中的差異的甲基化中的等位基因差異。34、術(shù)語(yǔ)“甲基化狀態(tài)”指特定甲基化位點(diǎn)的狀態(tài)(即甲基化的對(duì)非甲基化的)，其意指殘基或甲基化位點(diǎn)被甲基化或未被甲基化。然后，基于一個(gè)或多個(gè)甲基化位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)，可確定甲基化譜。35、術(shù)語(yǔ)“甲基化水平”指特定甲基化位點(diǎn)的水平，其范圍可以從0(＝未甲基化的)一直到1(＝完全甲基化的)。因此，基于一個(gè)或多個(gè)甲基化位點(diǎn)的甲基化水平，可確定甲基化譜。因此，術(shù)語(yǔ)“甲基化譜”或還有“甲基化模式”指生物樣品中任何特定殘基序列段處的甲基化的c或未甲基化的c的相對(duì)或絕對(duì)濃度。例如，如果在樣品中dna序列中一般不甲基化的一個(gè)或多個(gè)胞嘧啶(c)殘基被較多地甲基化，則其可稱為“過(guò)度甲基化的”；而如果dna序列中一般甲基化的一個(gè)或多個(gè)胞嘧啶(c)殘基被較少地甲基化，則其可稱為“甲基化不足的”。同樣地，如果dna序列(例如，樣品核酸)中的一個(gè)或多個(gè)胞嘧啶(c)殘基當(dāng)與來(lái)自不同區(qū)域或不同個(gè)體的另一個(gè)序列相比時(shí)被較多地甲基化(例如，相對(duì)于正常核酸)，則所述序列被認(rèn)為與另一個(gè)序列相比過(guò)度甲基化。另一方面，如果dna序列中的一個(gè)或多個(gè)胞嘧啶(c)殘基與來(lái)自不同區(qū)域或不同個(gè)體的另一個(gè)序列相比被較少地甲基化，則所述序列被認(rèn)為與另一個(gè)序列相比甲基化不足。這些序列被稱為“差異甲基化的”。例如，當(dāng)發(fā)炎組織和非發(fā)炎組織之間的甲基化狀態(tài)不同時(shí)，序列被認(rèn)為是“差異甲基化的”。差異甲基化水平的測(cè)量可以通過(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的多種方式進(jìn)行。作為非限制性實(shí)例，一種方法是測(cè)量通過(guò)亞硫酸氫鹽測(cè)序方法確定的個(gè)別被查詢的cpg位點(diǎn)的甲基化水平。36、與術(shù)語(yǔ)‘亞硫酸氫鹽修飾’可互換使用的基因組dna的‘亞硫酸氫鹽處理’指用脫氨劑例如亞硫酸氫鹽處理基因組dna，其可用于處理所有dna，甲基化的或非甲基化的。特別地，如本文所使用的術(shù)語(yǔ)“亞硫酸氫鹽”包括任何合適類型的亞硫酸氫鹽，例如亞硫酸氫鈉，或能夠在不化學(xué)修飾甲基化的胞嘧啶的情況下將胞嘧啶(c)化學(xué)轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏?u)且因此可用于基于dna的甲基化狀態(tài)差異地修飾dna序列的其他化學(xué)試劑，例如，美國(guó)專利公開(kāi)us2010/0112595。如本文所使用的，“差異地修飾”甲基化的或非甲基化的dna的試劑包括任何在由甲基化的和非甲基化的dna產(chǎn)生可區(qū)分的產(chǎn)物的過(guò)程中修飾甲基化的和/或未甲基化的dna的試劑，從而允許鑒定dna甲基化狀態(tài)。這種過(guò)程可包括，但不限于，化學(xué)反應(yīng)(例如通過(guò)亞硫酸氫鹽的c至u的轉(zhuǎn)變)和酶促處理(例如通過(guò)甲基化依賴性內(nèi)切核酸酶的切割)。因此，優(yōu)先切割或消化甲基化的dna的酶是能夠在dna被甲基化時(shí)以高得多的效率切割或消化dna分子的酶，而優(yōu)先切割或消化未甲基化的dna的酶在dna未甲基化時(shí)表現(xiàn)出顯著更高的效率。37、因此，在進(jìn)行根據(jù)本發(fā)明任何方面的步驟(a)之前，首先對(duì)細(xì)胞中所含/所獲得或從細(xì)胞提取的基因組dna進(jìn)行亞硫酸氫鹽處理。38、可以使用本領(lǐng)域中可用的備擇方法代替亞硫酸氫鹽處理。熟練的技術(shù)人員將理解要使用哪些其他方法。在一個(gè)實(shí)例中，tet-輔助的吡啶硼烷測(cè)序(taps)可用于檢測(cè)5mc和5hmc(yibin?liu等人,naturebiotechnology,37:424-429(2019)。39、如本文中所使用的，術(shù)語(yǔ)“基因組材料”指根據(jù)本發(fā)明的任何方面的動(dòng)物的基因組的核酸分子或片段。特別地，這種核酸分子或片段是dna或rna或其雜交體，且最優(yōu)選為主體或主體組的dna基因組的分子。40、如本文中所使用的術(shù)語(yǔ)‘生物樣品’可以選自肌肉、器官組織、乳、血、腦、精子和提供待用于根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法中的基因組dna的任何其他組織或樣品。特別地，生物樣品可以包括從主體獲得的含有dna的任何生物材料，且可以是液體、固體或兩者，可以是組織或骨，或體液，例如血液、淋巴等。特別地，用于本發(fā)明的生物樣品可以包括生物細(xì)胞或其碎片。41、如本文中所使用的，“dna樣品”指使用本領(lǐng)域已知方法從根據(jù)本發(fā)明任何方面的動(dòng)物細(xì)胞提取的dna。42、如本文所使用的，術(shù)語(yǔ)‘動(dòng)物衍生的產(chǎn)品’指來(lái)自動(dòng)物的產(chǎn)品。特別地，術(shù)語(yǔ)‘測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品’指根據(jù)本發(fā)明的任何方面將引入到陣列中的考慮之中的樣品或主體。這些來(lái)自動(dòng)物的產(chǎn)品可包括肉和肉產(chǎn)品，也包括脂肪，肉，血，加工的肉和鮮為人知的產(chǎn)品，如魚(yú)明膠和粗制凝乳酶，家禽產(chǎn)品(肉和蛋)，乳制品(乳和干酪)，和非食物產(chǎn)品，如纖維(羊毛、馬海毛、山羊絨、皮革等)。動(dòng)物衍生的產(chǎn)品還可以包括可使用動(dòng)物產(chǎn)品(例如，脂肪)制備的產(chǎn)品，例如肥皂、乳膏等。在一個(gè)實(shí)例中，動(dòng)物衍生的產(chǎn)品是肉、蛋、血、腦、精子、乳和任何其他提供基因組dna的組織或樣品。特別地，動(dòng)物衍生的產(chǎn)品是肉。在一個(gè)實(shí)例中，動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品可以是單一類型的肉、不同類型的肉、一種類型的肉的單一部分、單一類型的肉的不同部分或不同類型的肉的不同部分。如果動(dòng)物是水生動(dòng)物，那么這些來(lái)自動(dòng)物的產(chǎn)品可包括肉和肉產(chǎn)品，也包括蛋、脂肪、肉、血、加工的肉和鮮為人知的產(chǎn)品，以及非食物產(chǎn)品如纖維(殼、鱗片等)。動(dòng)物衍生的產(chǎn)品還可以包括使用動(dòng)物產(chǎn)品(例如魚(yú)油)制備的產(chǎn)品，例如片劑、粉末等。在一個(gè)實(shí)例中，動(dòng)物衍生的產(chǎn)品是肉、蛋、血、腦、殼、鱗片、皮膚、組織、腹肌組織或任何其他提供基因組dna的組織或樣品。特別地，動(dòng)物衍生的產(chǎn)品是肉、皮膚、血、邊角料(trimmings)或來(lái)自水生動(dòng)物的任何器官。特別地，邊角料可用作魚(yú)粉/魚(yú)油的副產(chǎn)品，其最后進(jìn)入動(dòng)物飼料工業(yè)或?qū)櫸?。樣品可以?lái)自具有dna基因組和dna基因組甲基化的任何生物實(shí)體。特別地，甲基化位點(diǎn)是cpg位點(diǎn)。43、本文中與術(shù)語(yǔ)動(dòng)物一起使用的術(shù)語(yǔ)“測(cè)試”指根據(jù)本發(fā)明的任何方面引入到陣列中并且是本發(fā)明的分析應(yīng)用的基礎(chǔ)的動(dòng)物。因此，“(個(gè)別)測(cè)試主體”、“(個(gè)別)組的測(cè)試主體”或“測(cè)試概況”或“測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品”是根據(jù)本發(fā)明進(jìn)行測(cè)試的(個(gè)別)主體或主體組或在所述背景下獲得或生成的概況。類似地，根據(jù)本發(fā)明的任何方面使用的術(shù)語(yǔ)‘樣品’和/或‘測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品’指可以經(jīng)受本發(fā)明方法的實(shí)體。相反，術(shù)語(yǔ)“參考”或‘對(duì)照’應(yīng)表示用于與測(cè)試實(shí)體進(jìn)行比較的通常預(yù)定的實(shí)體。特別地，樣品可以是任何(測(cè)試)動(dòng)物衍生的產(chǎn)品，其可以經(jīng)受本發(fā)明的方法以通過(guò)首先確定dna甲基化譜且然后將所述測(cè)試甲基化譜與對(duì)照進(jìn)行比較來(lái)確定動(dòng)物的任何特征(即，生物學(xué)年齡、地理原產(chǎn)地、飼養(yǎng)方法等)，且‘對(duì)照’指這樣的動(dòng)物，其中如上文所提及的特征是已知的，并且其中甲基化狀態(tài)是已知的并用作參考。44、如本文中所使用的，術(shù)語(yǔ)‘接觸’意指使基因組材料樣品與基于dna甲基化的陣列直接接觸。例如，基因組材料樣品可以是從來(lái)自測(cè)試動(dòng)物的生物樣品提取的dna，并且其直接與基于dna甲基化的陣列中的探針接觸。45、根據(jù)本發(fā)明的任何方面的單胃家畜包括僅具有單區(qū)室胃的陸生家畜和水生家畜。特別地，家畜可以是選自陸生家畜和水生家畜的飼養(yǎng)動(dòng)物。甚至更特別地，單胃家畜不包括稱為反芻動(dòng)物的具有區(qū)室化的胃的動(dòng)物，其包括山羊、綿羊、牛、野牛等。特別地，單胃陸生家畜可以包括豬、馬、驢、騾、兔、雞、火雞和其他鶉雞類鳥(niǎo)類、鴨、鵝、鵪鶉等。術(shù)語(yǔ)單胃陸生家畜指與單胃農(nóng)場(chǎng)動(dòng)物相同的動(dòng)物。46、如本文所使用的，術(shù)語(yǔ)“水生單胃家畜”指完全在水中飼養(yǎng)或主要生活在水中的任何生物，尤其是與具有單區(qū)室胃的陸生動(dòng)物相比。這些水生單胃家畜可能生活在不同的水形態(tài)中，例如海、洋、河、湖、池塘等。更特別地，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的水生單胃家畜可以是在所有生命階段的任何魚(yú)、頭足綱動(dòng)物、水生軟體動(dòng)物或水生甲殼動(dòng)物，包括卵、精子和配子。甚至更特別地，‘水生單胃家畜’意指以下物種的動(dòng)物：(i)屬于總綱無(wú)頜類(agnatha)和綱軟骨魚(yú)綱(chondrichthyes)，肉鰭亞綱(sarcopterygii)和輻鰭亞綱(actinopterygii)的魚(yú)；和(ii)屬于亞門甲殼動(dòng)物亞門(crustacea)的水生甲殼動(dòng)物。甚至更特別地，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的水生單胃家畜可以是用于水產(chǎn)養(yǎng)殖的水生家畜。根據(jù)本發(fā)明的任何方面的水生單胃家畜的一些非限制性例子包括脊椎動(dòng)物魚(yú)，如澳洲肺魚(yú)、鯉魚(yú)、鯰魚(yú)、大比目魚(yú)、大理石紋鰲蝦(marbled?crayfish)、海水和半咸水魚(yú)(marine?andbrackish?fishes)、巴沙魚(yú)(pangasius)、虹鱒魚(yú)(rainbow?trout)、鮭類(salmonids)、黑鱸、海鯛、羅非魚(yú)和大菱鲆(turbot)。另一種單胃家畜也可以包括海蝦、中華絨蝥蟹(mittencrabs)、貝類、牡蠣、扇貝、軟殼蟹、甲魚(yú)、虎蝦(tiger?prawns)、南美白對(duì)蝦(white-legprawn)、蝦、章魚(yú)、烏賊和其他十足類甲殼動(dòng)物、雙殼類和腹足類。在另一個(gè)實(shí)例中，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法中所使用的測(cè)試動(dòng)物可以是單胃家畜(陸生和水生的)以及甲殼動(dòng)物、雙殼類和腹足類。47、根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，提供了一種用于測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的地理原產(chǎn)地鑒定的方法，所述方法包括以下步驟：48、(a)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法，以確定所述測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的測(cè)試甲基化譜；以及49、(b)將(a)中確定的所述測(cè)試甲基化譜與一個(gè)或多個(gè)預(yù)定參考甲基化譜進(jìn)行比較，其中所述一個(gè)或多個(gè)預(yù)定參考甲基化譜中的每一個(gè)對(duì)于與所述測(cè)試動(dòng)物具有相同生物分類單位的主體的特殊地理原產(chǎn)地是特異性的；50、其中如果所述測(cè)試甲基化譜與所述預(yù)定參考甲基化譜之一顯著相似，則所述測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品具有與具有所述預(yù)定參考甲基化譜的主體相似的地理原產(chǎn)地；和/或其中如果所述測(cè)試甲基化譜與所述預(yù)定參考甲基化譜之一不同，則所述測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品具有與具有所述預(yù)定參考甲基化譜的主體不同的地理原產(chǎn)地，并且其中所述測(cè)試動(dòng)物為單胃家畜。51、本文使用的術(shù)語(yǔ)“地理原產(chǎn)地”涉及通過(guò)測(cè)試動(dòng)物的一個(gè)或多個(gè)環(huán)境參數(shù)與其他地理位置區(qū)別開(kāi)的地理位置。這種環(huán)境參數(shù)取決于動(dòng)物的棲息地并且如果動(dòng)物在水中、土壤上或土壤中生活或培養(yǎng)則可能是不同的，或者可以選自食品或空氣參數(shù)等。在一個(gè)實(shí)例中，對(duì)于淡水蟹(例如大理石紋鰲蝦)，相關(guān)的環(huán)境參數(shù)可以選自ph、水的硬度、錳含量、鐵含量和鋁含量。然而，相關(guān)的環(huán)境參數(shù)可能取決于動(dòng)物的分類單位或物種而大大變化。類似地，生活在水中的動(dòng)物的棲息地也可能變化，例如，這些棲息地可以選自死水或活水，如湖、河、水產(chǎn)養(yǎng)殖場(chǎng)(aqua?farm)、其他水池或水體或池塘。地理原產(chǎn)地應(yīng)被理解為被視為棲息地的地理位置，在那里測(cè)試動(dòng)物出生、孵化和/或飼養(yǎng)，或至少在其一生期間飼養(yǎng)相當(dāng)長(zhǎng)的時(shí)間。52、如本文所使用的，術(shù)語(yǔ)“預(yù)選甲基化位點(diǎn)”指從在方法訓(xùn)練期間顯示出最高程度的甲基化變異的基因或區(qū)域選擇的甲基化位點(diǎn)，并滿足某些質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)，例如考慮≥5x的最小測(cè)序覆蓋度和≥5個(gè)合格的cpg位點(diǎn)。此外，由于其有限的動(dòng)態(tài)范圍，可以排除具有<0.1的平均甲基化水平或>0.9的平均甲基化水平的基因?？梢允褂枚嘧兞拷y(tǒng)計(jì)方法，如例如主成分分析或多維尺度分析(multi-dimensional?scaling)，基于多個(gè)訓(xùn)練樣品來(lái)定義“參考甲基化譜”。53、如本文所使用的，且特別是在具有甲基化譜的比較(例如測(cè)試譜(來(lái)自一個(gè)或多個(gè)測(cè)試主體和參考譜之間的比較)的上下文中，術(shù)語(yǔ)“顯著相似”應(yīng)意指通過(guò)統(tǒng)計(jì)方法(即通過(guò)使用生物信息學(xué))和/或也通過(guò)使用眼睛觀察所觀察到的相似性。例如，如果測(cè)試譜與通過(guò)多變量統(tǒng)計(jì)方法例如主成分分析或多維尺度分析通過(guò)多個(gè)訓(xùn)練樣品定義的參考譜重疊，則觀察到顯著的相似性。特別地，如果不止50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％的甲基化模式/譜與參考譜重疊，則測(cè)試譜與預(yù)定參考譜顯著相似。測(cè)試譜與不止一個(gè)，例如兩個(gè)、三個(gè)或甚至所有參考譜的相似性降低相似性的顯著性。54、如本文中所使用的術(shù)語(yǔ)“預(yù)定參考譜”指具有取決于使用所述術(shù)語(yǔ)的上下文的具體特征的活生物的基因組材料的典型或標(biāo)準(zhǔn)甲基化譜。在一個(gè)實(shí)例中，對(duì)于根據(jù)本發(fā)明的任何方面的用于鑒定測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的地理原產(chǎn)地的方法，術(shù)語(yǔ)“預(yù)定參考譜”指具有特定地理原產(chǎn)地的活生物的基因組材料的典型或標(biāo)準(zhǔn)甲基化譜。可以從對(duì)照主體獲得預(yù)定參考譜。例如，對(duì)照主體可以是具有已知地理原產(chǎn)地的與測(cè)試主體屬于相同物種的活生物。另一方面，可從生活在特定地理原產(chǎn)地的多種生物獲得預(yù)定參考譜。具有特定地理原產(chǎn)地的不同生物的甲基化譜可能相同?？赡艽嬖趲讉€(gè)預(yù)定參考譜的匯編，并且將測(cè)試主體的甲基化譜與匯編中的預(yù)定參考譜進(jìn)行比較可以使得能夠鑒定與測(cè)試主體的甲基化譜相似的特定預(yù)定參考譜，且然后可以推斷所述測(cè)試主體的地理原產(chǎn)地是所述預(yù)定參考譜的地理原產(chǎn)地。55、與地理原產(chǎn)地有關(guān)使用的術(shù)語(yǔ)“相似”指一種或多種測(cè)試主體的棲息地或地理原產(chǎn)地基于由其獲得預(yù)定參考譜的生物的棲息地或地理原產(chǎn)地。術(shù)語(yǔ)‘相似’可以指棲息地的類型、棲息地的環(huán)境參數(shù)、棲息地所在的國(guó)家等?；谌缟衔脑凇乩碓a(chǎn)地’項(xiàng)下所定義的至少一個(gè)或多個(gè)環(huán)境參數(shù)，測(cè)試主體的地理原產(chǎn)地可能與預(yù)定參考譜的地理原產(chǎn)地50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％相似。56、wo2022/023208中公開(kāi)了dna甲基化變化以及利用這些以確定地理原產(chǎn)地之間的聯(lián)系的技術(shù)細(xì)節(jié)的進(jìn)一步的公開(kāi)內(nèi)容。57、根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，提供了一種用于預(yù)測(cè)產(chǎn)品由其衍生的測(cè)試動(dòng)物的生物學(xué)年齡的體外方法，所述方法包括以下步驟：58、(a)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法，以確定所述測(cè)試動(dòng)物的測(cè)試甲基化譜；以及59、(b)將來(lái)自(a)的所述測(cè)試甲基化譜與來(lái)自年齡相關(guān)的參考樣品的甲基化譜進(jìn)行比較，從而確立表觀遺傳年齡并預(yù)測(cè)產(chǎn)品由其衍生的所述測(cè)試動(dòng)物的生物學(xué)年齡；且60、其中所述測(cè)試動(dòng)物為單胃家畜。61、年齡相關(guān)的參考樣品充當(dāng)對(duì)照，且代表處于預(yù)定且特定實(shí)足年齡(chronicalage)的平均甲基化水平。62、術(shù)語(yǔ)‘實(shí)足年齡’指從出生/孵化開(kāi)始已經(jīng)過(guò)的日歷時(shí)間。63、表觀遺傳年齡取決于個(gè)體或群體的生物狀況或境況，并考慮到生活環(huán)境(如應(yīng)激、營(yíng)養(yǎng)等)。術(shù)語(yǔ)“表觀遺傳年齡”、“甲基化年齡”和“生物學(xué)年齡”具有相同含義且可互換使用。64、表觀遺傳年齡可能與實(shí)足年齡匹配或不匹配。表觀遺傳年齡與實(shí)足年齡相比的偏差是年齡加速(age?acceleration)或年齡減速(age?deceleration)。因此，表觀遺傳年齡也可以通過(guò)來(lái)自要測(cè)試的樣品的基因組dna中甲基化標(biāo)記物(即cpg位點(diǎn))的甲基化水平與來(lái)自年齡相關(guān)的參考樣品的相同標(biāo)志物(即cpg位點(diǎn))的甲基化狀態(tài)的比較來(lái)確定。65、在一個(gè)實(shí)例中，對(duì)于根據(jù)本發(fā)明的任何方面的用于預(yù)測(cè)產(chǎn)品由其衍生的測(cè)試動(dòng)物的生物學(xué)年齡的體外方法，術(shù)語(yǔ)“預(yù)定參考譜”指具有已知實(shí)足年齡的活生物的基因組材料的典型或標(biāo)準(zhǔn)甲基化譜。預(yù)定參考譜可以從已知?jiǎng)游锬挲g的對(duì)照主體或?qū)φ罩黧w群體獲得?？赡艽嬖趲讉€(gè)預(yù)定參考譜的匯編，并且將測(cè)試主體的甲基化譜與匯編中的預(yù)定參考譜進(jìn)行比較可以使得能夠鑒定與測(cè)試主體的甲基化譜相似的特定預(yù)定參考譜，且然后可以推斷所述測(cè)試主體的生物學(xué)年齡為所述預(yù)定參考譜的生物學(xué)年齡。66、至少在wo?2021/148593和wo?2021/148601中提供了dna甲基化變化以及使用這些變化以確定考慮之中的動(dòng)物的生物學(xué)年齡之間的聯(lián)系的技術(shù)細(xì)節(jié)的進(jìn)一步的公開(kāi)內(nèi)容。67、根據(jù)本發(fā)明的所述方面的方法還可用于確定(測(cè)試)動(dòng)物的健康狀態(tài)。特別地，健康狀態(tài)可以指動(dòng)物是否患有疾病、動(dòng)物基于環(huán)境的動(dòng)物福利和/或動(dòng)物的食品安全?？梢蚤_(kāi)發(fā)這些組成部分的每一個(gè)的甲基化譜，以創(chuàng)建參考甲基化譜組，其然后可以用于確定測(cè)試動(dòng)物的健康狀態(tài)。68、根據(jù)本發(fā)明的進(jìn)一步的方面，提供了一種確定產(chǎn)品由其衍生的測(cè)試動(dòng)物是否已用至少一種抗生素和/或獸醫(yī)化學(xué)藥品治療和/或當(dāng)前正在經(jīng)歷所述治療的方法，所述方法包括：69、(a)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法，以確定所述測(cè)試動(dòng)物的測(cè)試甲基化譜；以及70、(b)將從(a)獲得的所述測(cè)試甲基化譜與從對(duì)照動(dòng)物或?qū)φ談?dòng)物衍生的產(chǎn)品獲得的參考甲基化譜進(jìn)行比較，其中所述對(duì)照動(dòng)物未用至少一種抗生素和/或獸醫(yī)化學(xué)藥品治療和/或當(dāng)前沒(méi)有正在經(jīng)歷所述治療，其中(a)的所述測(cè)試甲基化譜與來(lái)自所述對(duì)照動(dòng)物的所述參考甲基化譜相比的差異指示測(cè)試動(dòng)物已經(jīng)用至少一種抗生素和/或獸醫(yī)化學(xué)藥品治療和/或當(dāng)前正在經(jīng)歷所述治療；和/或其中(a)的所述測(cè)試甲基化譜與所述參考甲基化譜相比的顯著相似性指示所述測(cè)試動(dòng)物尚未用至少一種抗生素和/或獸醫(yī)化學(xué)藥品治療和/或當(dāng)前沒(méi)有正在經(jīng)歷所述治療；并且71、其中所述測(cè)試動(dòng)物為單胃家畜。72、如本文中所使用的術(shù)語(yǔ)‘抗生素’指可以為了治療和/或預(yù)防起見(jiàn)而飼喂給陸生動(dòng)物的任何藥品?？股乜梢酝ㄟ^(guò)本領(lǐng)域已知的任何方法施用。可以將抗生素在動(dòng)物飼料或水中口服飼喂給根據(jù)本發(fā)明的任何方面的陸生動(dòng)物，從而使其被攝食。在另一個(gè)實(shí)例中，抗生素可以被注射到動(dòng)物內(nèi)。在一個(gè)實(shí)例中，抗生素可以經(jīng)由乳房注射引入陸生動(dòng)物內(nèi)。本領(lǐng)域技術(shù)人員將基于動(dòng)物的特定生物分類單位、抗生素的類型和要治療或預(yù)防的疾病了解向動(dòng)物提供抗生素的最佳方式。特別地，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的抗生素可以選自類別酰胺醇類(amphenicols)、氨基環(huán)多醇類(aminocyclitols)、氨基糖苷類、安沙霉素類、β-內(nèi)酰胺類、碳頭孢烯(carbaephem)、碳青霉烯類、頭孢菌素類、氯霉素、氟喹諾酮類、糖肽類、甘氨酰環(huán)素類(glycylcyclines)、酮內(nèi)酯類、林可酰胺類、脂肽類、大環(huán)內(nèi)酯類、單環(huán)β-內(nèi)酰胺類、硝基呋喃類、硝基咪唑類、唑烷酮類(oxazolidinones)、青霉素類、膦酸衍生物、截短側(cè)耳素類、多黏菌素類、多肽類、喹諾酮類、利福霉素類、利咪吩喃類(riminofenazines)、類固醇抗菌藥、鏈陽(yáng)菌素類、磺胺類、四環(huán)素類和甲氧芐啶。更特別地，抗生素可以選自鹽酸四環(huán)素、阿莫西林和黏菌素(colist)。73、可以同時(shí)或連續(xù)地給根據(jù)本發(fā)明的任何方面的測(cè)試動(dòng)物飼喂至少一種或多種上述抗生素?？股嘏c陸生動(dòng)物的接觸可能引起表觀遺傳變化，至少dna甲基化變化，其然后可以使用根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法來(lái)確定。每劑中的抗生素濃度和/或已給予測(cè)試動(dòng)物的抗生素的時(shí)間段可能影響測(cè)試動(dòng)物相對(duì)于對(duì)照動(dòng)物的差異甲基化的程度。確定取決于給予抗生素用于預(yù)防措施還是用于治療措施測(cè)試動(dòng)物所需的每劑的濃度和抗生素暴露時(shí)間段在本領(lǐng)域技術(shù)人員的知識(shí)范圍內(nèi)。74、如本文中所使用的術(shù)語(yǔ)‘獸醫(yī)化學(xué)藥品’指用于治療或預(yù)防動(dòng)物中的疾病、損傷和害蟲(chóng)的藥物或藥品。特別地，‘獸醫(yī)化學(xué)藥品’可以指抗寄生蟲(chóng)藥、抗病毒藥、飼料添加劑、水添加劑、消毒劑、戊二醛、福爾馬林、它們的混合物等。在一個(gè)實(shí)例中，飼料添加劑可以是抗球蟲(chóng)藥或離子載體。水添加劑指可以添加到水管道中而不是陸生動(dòng)物飼料中的化學(xué)藥品?？梢酝ㄟ^(guò)本領(lǐng)域已知的任何方法將獸醫(yī)化學(xué)藥品施用于陸生動(dòng)物。75、根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法中所使用的測(cè)試動(dòng)物可以同時(shí)和/或因此與抗生素和獸醫(yī)化學(xué)藥品兩者接觸。測(cè)試動(dòng)物的內(nèi)部環(huán)境中的改變導(dǎo)致表觀遺傳改變，并且這可以使用根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法來(lái)確定。76、特別地，在根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法中，在步驟(a)中確定至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100個(gè)cpg位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)。本領(lǐng)域技術(shù)人員將能夠確定根據(jù)本發(fā)明的任何方面在步驟(a)中需要使用的cpg位點(diǎn)的數(shù)目。甚至更特別地，在根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法的步驟(a)中確定至少兩個(gè)cpg位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)。77、根據(jù)本發(fā)明的又另一個(gè)方面，提供了一種確定產(chǎn)品由其衍生的測(cè)試動(dòng)物是否已用至少一種抗生素進(jìn)行治療和/或當(dāng)前正在經(jīng)歷所述治療，且如果這樣的話確定測(cè)試動(dòng)物正在使用其進(jìn)行治療和/或當(dāng)前正在經(jīng)歷所述治療的抗生素的特殊類別的方法，所述方法包括：78、(a)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法，以確定所述測(cè)試動(dòng)物的測(cè)試甲基化譜；以及79、(b)將從(a)獲得的所述測(cè)試甲基化譜與一個(gè)或多個(gè)預(yù)定參考甲基化譜進(jìn)行比較，其中每個(gè)預(yù)定參考甲基化譜來(lái)自與所述測(cè)試動(dòng)物具有相同生物分類單位的不同動(dòng)物，并且每個(gè)不同動(dòng)物都用不同類別的抗生素進(jìn)行治療，80、其中如果(a)的所述測(cè)試甲基化譜與所述預(yù)定參考甲基化譜之一顯著相似，則確認(rèn)產(chǎn)品由其衍生的測(cè)試動(dòng)物正在用與具有所述預(yù)定參考譜的動(dòng)物用其治療的相同類別的抗生素進(jìn)行治療，并且已經(jīng)確認(rèn)所述測(cè)試動(dòng)物已經(jīng)用所述特殊類別的抗生素進(jìn)行治療和/或當(dāng)前正在經(jīng)歷所述治療；和/或81、其中如果(a)的所述測(cè)試甲基化譜與所述預(yù)定參考甲基化譜之一顯著不同，則確認(rèn)產(chǎn)品由其衍生的測(cè)試動(dòng)物沒(méi)有正在用與具有所述預(yù)定參考譜的動(dòng)物用其治療的相同類別的抗生素進(jìn)行治療，并且已經(jīng)確認(rèn)所述測(cè)試動(dòng)物尚未用所述特殊類別的抗生素進(jìn)行治療和/或當(dāng)前正在經(jīng)歷所述治療；并且82、其中所述測(cè)試動(dòng)物為單胃家畜。83、特別地，特殊類別的抗生素是酰胺醇類、氨基環(huán)多醇類、氨基糖苷類、安沙霉素類、β-內(nèi)酰胺類、碳頭孢烯、碳青霉烯類、頭孢菌素類、氯霉素、氟喹諾酮類、糖肽類、甘氨酰環(huán)素類、酮內(nèi)酯類、林可酰胺類、脂肽類、大環(huán)內(nèi)酯類、單環(huán)β-內(nèi)酰胺類、硝基呋喃類、硝基咪唑類、唑烷酮類、青霉素類、含磷抗生素；和/或獸醫(yī)化學(xué)藥品是抗寄生蟲(chóng)藥、抗病毒藥、飼料添加劑、消毒劑、戊二醛和/或福爾馬林。84、在一個(gè)實(shí)例中，可以為待用作對(duì)照的不同動(dòng)物制備預(yù)定參考譜組，其中每個(gè)動(dòng)物已接觸不同類別的抗生素和/或動(dòng)物的各部分(即，組織、肌肉、血液、皮膚)具有其自己唯一的預(yù)定甲基化參考譜，其也構(gòu)成預(yù)定參考譜組的一部分。各自用不同類別的抗生素治療的來(lái)自與測(cè)試動(dòng)物相同生物分類單位的不同動(dòng)物對(duì)于用作基因組材料的動(dòng)物或動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的各部分可能具有其自己的預(yù)定參考譜組。例如，每個(gè)組可能對(duì)于與第一抗生素和/或獸醫(yī)化學(xué)藥品接觸的單個(gè)動(dòng)物是特異性的，其中每個(gè)參考譜可能對(duì)于由其提取基因組材料的動(dòng)物的一部分是特殊的。因此將存在預(yù)定參考譜組的匯編，每個(gè)組對(duì)于具有與測(cè)試動(dòng)物相同的生物分類單位的一種對(duì)照動(dòng)物是特異性的，所述對(duì)照動(dòng)物正在與第一、第二、第三等抗生素和/或獸醫(yī)化學(xué)藥品接觸或與其接觸。當(dāng)獲得來(lái)自未知?jiǎng)游镅苌漠a(chǎn)品樣品的測(cè)試甲基化譜時(shí)，然后將其與和測(cè)試動(dòng)物相同的動(dòng)物分類單位的不同預(yù)定參考譜組進(jìn)行比較，以確定測(cè)試動(dòng)物接觸或過(guò)去接觸的抗生素和/或獸醫(yī)化學(xué)藥品的特殊類別。85、根據(jù)本發(fā)明的又另一個(gè)方面，涉及一種確定測(cè)試動(dòng)物和/或產(chǎn)品由其衍生的測(cè)試動(dòng)物是否已用至少一種抗生素進(jìn)行治療和/或當(dāng)前正在經(jīng)歷所述治療，且如果這樣的話確定所述抗生素是用作生長(zhǎng)促進(jìn)劑(promotant)還是用作治療劑(therapeutant)的方法，所述方法包括：86、(a)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法，以確定所述測(cè)試動(dòng)物的測(cè)試甲基化譜；以及87、(b)將從(a)獲得的所述測(cè)試甲基化譜與一個(gè)或多個(gè)預(yù)定參考甲基化譜進(jìn)行比較，其中每個(gè)預(yù)定參考甲基化譜來(lái)自與測(cè)試動(dòng)物具有相同生物分類單位的不同對(duì)照動(dòng)物，并且每個(gè)不同對(duì)照動(dòng)物都使用作為生長(zhǎng)促進(jìn)劑或治療劑的抗生素進(jìn)行治療，88、其中如果(a)的所述測(cè)試甲基化譜與所述預(yù)定參考甲基化譜之一顯著相似，則確認(rèn)所述測(cè)試動(dòng)物正在以與治療具有類似預(yù)定參考譜的對(duì)照動(dòng)物相同的方式使用抗生素進(jìn)行治療，并且已經(jīng)確認(rèn)所述測(cè)試動(dòng)物已經(jīng)使用作為生長(zhǎng)促進(jìn)劑或治療劑的抗生素進(jìn)行治療和/或當(dāng)前正在經(jīng)歷所述治療。89、如本文中所使用的術(shù)語(yǔ)‘生長(zhǎng)促進(jìn)劑’指用于通過(guò)增大重量增加和產(chǎn)品產(chǎn)量來(lái)幫助提高動(dòng)物生產(chǎn)效率的抗生素。與用作治療劑(即，用于治療疾病)相對(duì)比，抗生素可以用作生長(zhǎng)促進(jìn)劑。90、根據(jù)本發(fā)明的進(jìn)一步的方面，提供了一種確定產(chǎn)品由其衍生的測(cè)試動(dòng)物在獲得產(chǎn)品之前是否經(jīng)歷了未使用至少一種抗生素和/或獸醫(yī)化學(xué)藥品治療的停藥期(withdrawalperiod)的方法，所述方法包括：91、(a)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法，以確定所述測(cè)試動(dòng)物的測(cè)試甲基化譜；以及92、(b)將從(a)獲得的所述測(cè)試甲基化譜與至少兩個(gè)預(yù)定參考甲基化譜進(jìn)行比較，其中至少一個(gè)所述預(yù)定參考甲基化譜來(lái)自經(jīng)歷了停藥期的對(duì)照動(dòng)物，而另一個(gè)所述預(yù)定參考甲基化譜來(lái)自與測(cè)試動(dòng)物具有相同生物分類單位的對(duì)照動(dòng)物，所述對(duì)照動(dòng)物在獲得產(chǎn)品之前未經(jīng)歷停藥期，93、其中如果(a)的所述測(cè)試甲基化譜與所述預(yù)定參考甲基化譜顯著相似，則確認(rèn)所述測(cè)試動(dòng)物已經(jīng)歷了停藥期或沒(méi)有。94、如本文中所使用的，術(shù)語(yǔ)‘停藥期’指從不再給動(dòng)物飼喂抗生素和/或獸醫(yī)化學(xué)藥品的時(shí)間點(diǎn)到剩余的抗生素在體內(nèi)分解直到其變?yōu)榉枪δ苄栽噭┎⒆詈髲膭?dòng)物身體排除為止的時(shí)刻的時(shí)間段。不同抗生素的停藥期可能從1或2天到幾周變化。從施用抗生素的時(shí)間直到屠宰動(dòng)物或從動(dòng)物衍生產(chǎn)品是合法的為止需要“停藥”期。因此，身體分解抗生素直到其不再是功能性的或存在為止所花費(fèi)的時(shí)間稱為停藥時(shí)間(或停藥期)。一旦停藥期已過(guò)去，抗生素就已從動(dòng)物的系統(tǒng)消除。95、根據(jù)本發(fā)明的進(jìn)一步的方面，提供了一種檢定測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品的方法，所述方法包括以下步驟：96、(a)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法，以確定所述測(cè)試動(dòng)物的測(cè)試甲基化譜；以及97、(b)將從(a)獲得的所述測(cè)試甲基化譜與從與產(chǎn)品樣品由其衍生的測(cè)試動(dòng)物具有相同生物分類單位的對(duì)照動(dòng)物獲得的參考甲基化譜進(jìn)行比較，其中所述對(duì)照動(dòng)物不是通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰的，和/或所述對(duì)照動(dòng)物沒(méi)有流血而死其中(a)的所述測(cè)試甲基化譜與來(lái)自所述對(duì)照動(dòng)物的參考甲基化譜相比的差異指示所述測(cè)試動(dòng)物已經(jīng)通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰，和/或所述測(cè)試動(dòng)物已經(jīng)流血而死，并且所述測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品被這樣檢定；和/或其中(a)的所述測(cè)試甲基化譜與來(lái)自所述對(duì)照動(dòng)物的參考甲基化譜相比的顯著相似性指示所述測(cè)試動(dòng)物沒(méi)有已經(jīng)通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰，和/或所述測(cè)試動(dòng)物已經(jīng)流血而死，并且所述測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品被這樣檢定；并且其中所述測(cè)試動(dòng)物為單胃家畜。98、術(shù)語(yǔ)‘質(zhì)量檢定’指由指定的檢定機(jī)構(gòu)給出的證書(shū)或證明，其保證特定動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的質(zhì)量，包括供人使用和/或食用的食品。術(shù)語(yǔ)‘質(zhì)量檢定’與術(shù)語(yǔ)‘檢定’可互換使用。這些檢定通常出現(xiàn)在動(dòng)物衍生的產(chǎn)品(包括待食用的食品)的包裝上，且由產(chǎn)品制造商印制。‘飼養(yǎng)方式(haltungsform)’、‘動(dòng)物福利(tierwohl)’、‘非基因工程(ohnegentechnik)’、‘清真(halal)’、‘按猶太教食規(guī)清潔可食的食品(kosher)’、‘有機(jī)’、‘自由放牧場(chǎng)’、‘牧場(chǎng)飼養(yǎng)的’、‘草飼’、‘谷飼’、‘素食’、‘無(wú)激素情況下飼養(yǎng)的’等。基于國(guó)家也存在不同的檢定。例如，和德國(guó)的飼養(yǎng)方式一樣，其他檢定包括紅色拖拉機(jī)(red?tractor)(英國(guó))、法國(guó)紅標(biāo)(label?rouge)(法國(guó))、usda等級(jí)(美國(guó))等，以及其他安全標(biāo)簽，其證實(shí)所售產(chǎn)品已依照特定宗教或安全規(guī)章制備。具體而言，術(shù)語(yǔ)‘食品質(zhì)量檢定’指由指定的檢定機(jī)構(gòu)給出的證書(shū)或證明，其保證用于由人食用的特定食品的質(zhì)量、來(lái)源或屠宰方式。根據(jù)本發(fā)明的任何方面，檢定的質(zhì)量可以是特殊的檢定的食品質(zhì)量，或特殊的檢定，并且這可以是按猶太教食規(guī)清潔可食的食品、非按猶太教食規(guī)清潔可食的食品、清真或非清真。99、在一個(gè)實(shí)例中，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的樣品x的特殊檢定或檢定可以是按猶太教食規(guī)清潔可食的食品、非按猶太教食規(guī)清潔可食的食品、清真或非清真。更特別地，按猶太教食規(guī)清潔可食的食品或清真指來(lái)自通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰的動(dòng)物的樣品x。甚至更特別地，動(dòng)物被耗盡了血液。100、與根據(jù)本發(fā)明的任何方面的食品結(jié)合使用的術(shù)語(yǔ)‘按猶太教食規(guī)清潔可食的食品’指符合猶太教的飲食教規(guī)(kashrut)(飲食法律)的猶太飲食規(guī)定的食品或可根據(jù)哈拉卡(halakha)(法律)食用的食品。與肉有關(guān)使用的按猶太教食規(guī)清潔可食的食品特別涉及將動(dòng)物準(zhǔn)備用于食用的方式。根據(jù)猶太人的傳統(tǒng)，當(dāng)肉來(lái)自按照猶太法律屠宰的動(dòng)物時(shí)，所述肉被認(rèn)為是按猶太教食規(guī)清潔可食的食品，其中通過(guò)橫跨喉的單切割至精確深度來(lái)殺死動(dòng)物，切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和食道，不高于會(huì)厭且不低于氣管內(nèi)纖毛起始的地方，從而導(dǎo)致動(dòng)物流血而死。這種屠宰要使用鋒利的大刀進(jìn)行，其在每次屠宰前都要檢查，以確保其沒(méi)有不規(guī)則的事物(如刻痕和凹痕)。屠宰通常也由屠夫(shochet)或拉比(rabbi)進(jìn)行。按猶太教食規(guī)清潔可食的食品肉通常指不包括豬的大多數(shù)肉。特別地，按猶太教食規(guī)清潔可食的食品肉可選自牛肉、雞肉、羔羊肉、羊肉、山羊肉及其混合物。按猶太教食規(guī)清潔可食的食品肉不包括有殼的水生動(dòng)物，其根據(jù)猶太傳統(tǒng)不允許食用。盡管猶太傳統(tǒng)允許食用脊椎動(dòng)物魚(yú)，但因?yàn)椴淮嬖谔厥獾耐涝准棺祫?dòng)物魚(yú)的方法，所以所有脊椎動(dòng)物魚(yú)都可被認(rèn)為是按猶太教食規(guī)清潔可食的食品。任何不屬于‘按猶太教食規(guī)清潔可食的食品’定義的食品或肉于是都將被視為‘非按猶太教食規(guī)清潔可食的食品’。101、與根據(jù)本發(fā)明的任何方面的食品結(jié)合使用的術(shù)語(yǔ)‘清真’指符合伊斯蘭教飲食法律的食品，且尤其是根據(jù)那些要求加工和制備的肉。與制備按猶太教食規(guī)清潔可食的食品肉的方式類似，在伊斯蘭教傳統(tǒng)中，動(dòng)物是根據(jù)進(jìn)行屠宰的，其中使用以干脆利落的一擊用沒(méi)有鋸齒形邊緣的鋒利刀片橫跨頸部的切割來(lái)屠宰動(dòng)物，以產(chǎn)生切割喉的前部、食道和頸靜脈但不切割脊髓的切口。除指南之外，允許的動(dòng)物應(yīng)在念誦伊斯蘭教禱詞真主啊(bismillah)時(shí)進(jìn)行。動(dòng)物在屠宰后也必須耗盡血液。屠宰必須由成年穆斯林執(zhí)行。清真肉通常指不包括豬的大多數(shù)肉。特別地，清真肉可以選自牛肉、雞肉、羔羊肉、羊肉、山羊肉及其混合物。盡管伊斯蘭教傳統(tǒng)允許食用有殼的水生動(dòng)物和脊椎動(dòng)物魚(yú)，但因?yàn)椴淮嬖谔厥獾臏?zhǔn)備有殼的水生動(dòng)物的方法，所以所有有殼的水生動(dòng)物和脊椎動(dòng)物魚(yú)均可被視為清真的。任何不屬于‘清真’定義的食品或肉于是都將被視為“非清真”。清真的定義進(jìn)一步提供于https://www.smiic.org/en/project/24(organisation?of?islamic?cooperation(oic)/standards?and?metrology?institute?for?the?islamic?countries(smiic),oic/smiic?1:2019general?requirements?for?halal?food.2022年6月8日訪問(wèn))。102、如本文所使用的術(shù)語(yǔ)“預(yù)定參考譜”指被證實(shí)正確標(biāo)記或檢定的一類參考動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的基因組材料的典型或標(biāo)準(zhǔn)甲基化譜。在一個(gè)實(shí)例中，預(yù)定參考譜可以在對(duì)照動(dòng)物的背景中使用，其中所述對(duì)照動(dòng)物已被正確檢定(即，其中對(duì)照動(dòng)物既尚未通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰，也尚未流血而死)。對(duì)照動(dòng)物可以因此已使用非清真和非按猶太教食規(guī)清潔可食的食品屠宰方式進(jìn)行屠宰，其可被稱為正常屠宰方式。對(duì)照動(dòng)物的預(yù)定參考譜組可以包括來(lái)自已從(未通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰，也尚未流血而死的)對(duì)照動(dòng)物的不同部分獲得的不同樣品的譜。例如，預(yù)定參考譜組可以包括至少一種蛋的譜、至少一種肉的譜(肌肉、組織、器官等)、至少一種乳的譜等。這些樣品中的每一個(gè)都可能具有其自己獨(dú)特的預(yù)定甲基化參考譜，其也構(gòu)成預(yù)定參考譜組的一部分。103、在另一個(gè)實(shí)例中，預(yù)定參考譜可以在參考動(dòng)物的背景中使用，所述參考動(dòng)物可能已通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰和/或已流血而死。可以為不同樣品制備預(yù)定參考譜組，所述不同樣品來(lái)自已確認(rèn)通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰和/或已流血而死的動(dòng)物。在這里再一次地，可存在針對(duì)每種產(chǎn)品的預(yù)定參考譜組，所述每種產(chǎn)品衍生自已通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰和/或已流血而死的動(dòng)物。例如，預(yù)定參考譜組可以包括來(lái)自已通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰和/或已流血而死的動(dòng)物的至少一種蛋的譜、至少一種肉的譜(肌肉、組織、器官等)、至少一種乳的譜等。這些樣品中的每一個(gè)都可能具有其自己獨(dú)特的預(yù)定甲基化參考譜，其也構(gòu)成預(yù)定參考譜組的一部分。104、例如，對(duì)照可以是具有已知檢定的與動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品或未知樣品屬于相同物種或相同動(dòng)物分類單位的一種肉。另一方面，可以從具有已知檢定的不同類型的肉獲得預(yù)定參考譜。在一個(gè)實(shí)例中，對(duì)照可以是作為檢定的‘清真’的雞肉。清真雞肉可以是雞的不同部分的混合物(即胸、大腿、腎、肝等)。在另一個(gè)實(shí)例中，清真雞肉可能來(lái)自雞的一個(gè)部分。從清真雞肉可以獲得甲基化譜作為預(yù)定參考譜(對(duì)照)，其可以通過(guò)確定測(cè)試樣品的甲基化譜是否與預(yù)定參考譜顯著相似來(lái)用于確定測(cè)試樣品(肉)是否為清真或非清真。來(lái)自一個(gè)動(dòng)物物種的不同類型的清真肉的甲基化譜可能相同。來(lái)自不同動(dòng)物物種的不同類型的清真肉的甲基化譜也可能相同。在一個(gè)實(shí)例中，對(duì)照可以是作為檢定的‘按猶太教食規(guī)清潔可食的食品’的雞肉。按猶太教食規(guī)清潔可食的食品雞肉可以是雞的不同部分的混合物(即胸、大腿、腎、肝等)。在另一個(gè)實(shí)例中，按猶太教食規(guī)清潔可食的食品雞肉可能來(lái)自雞的一個(gè)部分。從按猶太教食規(guī)清潔可食的食品雞肉可以獲得甲基化譜作為預(yù)定參考譜(對(duì)照)，其可以通過(guò)確定測(cè)試樣品的甲基化譜是否與預(yù)定參考譜顯著相似來(lái)用于確定測(cè)試樣品(肉)是否為按猶太教食規(guī)清潔可食的食品或非按猶太教食規(guī)清潔可食的食品。來(lái)自一個(gè)動(dòng)物物種的不同類型的按猶太教食規(guī)清潔可食的食品肉的甲基化譜可能相同。來(lái)自不同動(dòng)物物種的不同類型的按猶太教食規(guī)清潔可食的食品肉的甲基化譜也可能相同。105、可能存在幾個(gè)預(yù)定參考譜的匯編，并且將測(cè)試樣品的甲基化譜與匯編中的預(yù)定參考譜進(jìn)行比較可以使得能夠鑒定與測(cè)試樣品的甲基化譜(顯著)相似的特定預(yù)定參考譜，且然后可以證實(shí)所述測(cè)試樣品是否通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰和/或已流血而死。在一個(gè)實(shí)例中，預(yù)定參考譜可以包括來(lái)自動(dòng)物(雞、山羊、牛、羔羊、綿羊等)的肉的不同部分(即胸部、大腿、腎、肝、肩、肋骨、腸等)的甲基化譜，所述動(dòng)物已通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰和/或已流血而死。106、特別地，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的預(yù)定參考甲基化譜組對(duì)于不同的測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品是特殊的。也就是說(shuō)，每個(gè)預(yù)定參考甲基化譜對(duì)于單個(gè)動(dòng)物衍生的產(chǎn)品都是特殊的。因此，預(yù)定參考甲基化譜組可以包括來(lái)自與測(cè)試動(dòng)物具有相同生物分類單位的動(dòng)物或幾個(gè)動(dòng)物的不同部分的許多不同的預(yù)定參考甲基化譜。對(duì)于不同的動(dòng)物分類單位，也將存在不同的預(yù)定參考甲基化譜組，并且對(duì)于動(dòng)物分類單位獨(dú)特的相關(guān)預(yù)定參考甲基化譜組將取決于測(cè)試動(dòng)物的動(dòng)物分類單位。107、根據(jù)本發(fā)明的又進(jìn)一步的方面，提供了一種檢定測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品的方法，所述方法包括以下步驟：108、(a)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法，以確定所述測(cè)試動(dòng)物的測(cè)試甲基化譜；以及109、(b)將從(a)獲得的所述測(cè)試甲基化譜與從與產(chǎn)品樣品由其衍生的測(cè)試動(dòng)物具有相同生物分類單位的對(duì)照動(dòng)物獲得的參考甲基化譜進(jìn)行比較，其中所述對(duì)照動(dòng)物在特殊類型的畜牧業(yè)下培育；110、其中(a)的所述測(cè)試甲基化譜與來(lái)自所述對(duì)照動(dòng)物的參考甲基化譜相比的顯著相似性指示所述測(cè)試動(dòng)物已在與所述對(duì)照動(dòng)物相同的特殊類型的畜牧業(yè)下培育；和/或111、其中(a)的所述測(cè)試甲基化譜與所述對(duì)照動(dòng)物的參考甲基化譜相比的差異指示所述測(cè)試動(dòng)物已在與所述對(duì)照動(dòng)物相比另一種特殊類型的畜牧業(yè)下培育；并且其中所述測(cè)試動(dòng)物為單胃家畜。112、在一個(gè)實(shí)例中，樣品x的特殊檢定或檢定可以基于飼養(yǎng)測(cè)試動(dòng)物的畜牧業(yè)類型。在德國(guó)，這被稱為‘飼養(yǎng)方式’。至少存在可以飼養(yǎng)動(dòng)物的四種類型/條件。這四個(gè)水平的畜牧業(yè)包括籠/棚圈養(yǎng)(stable?housing)(stallhaltung)、籠/棚圈養(yǎng)升級(jí)版(stable?housingplus)(stallhaltungplus)、室外氣候(outside?climate)(auβenklima)和優(yōu)質(zhì)(premium)，這些也分別被稱為飼養(yǎng)方式1、2、3和4。從在不同畜牧業(yè)條件下培育的動(dòng)物衍生的動(dòng)物產(chǎn)品可導(dǎo)致不同的dna甲基化譜。特殊類型的畜牧業(yè)可取決于實(shí)施根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法的國(guó)家而不同。不管不同國(guó)家使用來(lái)描述不同的特殊畜牧業(yè)實(shí)踐的不同術(shù)語(yǔ)如何，但根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法的總體概念在這些國(guó)家的任何一個(gè)中都是相同的并且適用的。113、例如，在德國(guó)，對(duì)家畜和家禽實(shí)行的不同特殊類型的畜牧業(yè)技術(shù)可被稱為‘飼養(yǎng)方式’，并且如上文所提及的，官方和工業(yè)界接受地分為可飼養(yǎng)動(dòng)物的至少四種類型/條件。這四個(gè)水平的畜牧業(yè)包括籠/棚圈養(yǎng)(stallhaltung)、籠/棚圈養(yǎng)升級(jí)版(stallhaltungplus)、室外氣候(auβenklima)和優(yōu)質(zhì)(premium)。類似地，在法國(guó)，家畜和家禽可能會(huì)被貼上‘法國(guó)紅標(biāo)’、‘有機(jī)’或其他圖畫(huà)文字，其顯示在獲得動(dòng)物衍生的產(chǎn)品之前動(dòng)物所經(jīng)歷的飼養(yǎng)方法。在英國(guó)家畜和家禽中，存在紅色拖拉機(jī)食品保證(red?tractorfood?assurance)檢定計(jì)劃，其至少包括三個(gè)水平的畜牧業(yè)，包括檢定的標(biāo)準(zhǔn)(certifiedstandards)、增強(qiáng)的福利(enhanced?welfare)和自由放牧場(chǎng)(free?range)。英國(guó)現(xiàn)存的其他標(biāo)簽包括rspca確定的(rspcaassured)，其檢定特定的動(dòng)物福利標(biāo)準(zhǔn)，以及幾種有機(jī)肉檢定計(jì)劃，例如有機(jī)農(nóng)民和種植者檢定(organic?farmers?and?growers?certification)以及土壤協(xié)會(huì)有機(jī)標(biāo)準(zhǔn)(soil?association?organic?standard)。美國(guó)(usa)的肉檢定的例子包括美國(guó)農(nóng)業(yè)部(united?states?department?of?agriculture)(usda)提供的那些，其作為例子包括a級(jí)胴體質(zhì)量(carcass?quality)和有機(jī)檢定。usda還批準(zhǔn)了一些第三方檢定計(jì)劃，例如由非營(yíng)利的更綠色的世界(a?greener?world)所提供的，其包括定義與動(dòng)物福利相關(guān)的畜牧業(yè)的檢定的動(dòng)物福利批準(zhǔn)的(certified?animal?welfare?approved)和定義畜牧業(yè)中特定飼料類型的檢定的草飼(certified?grassfed)。114、所述實(shí)例中的術(shù)語(yǔ)“預(yù)定參考譜”可以在對(duì)照動(dòng)物的背景中使用，其中對(duì)照動(dòng)物已被正確檢定(即基于培育或飼養(yǎng)對(duì)照動(dòng)物的畜牧業(yè)技術(shù)。對(duì)照動(dòng)物因而可能已在籠/棚圈養(yǎng)(stallhaltung)、籠/棚圈養(yǎng)升級(jí)版(stallhaltungplus)、室外氣候(auβenklima)和優(yōu)質(zhì)(premium)條件下飼養(yǎng)。對(duì)照動(dòng)物的預(yù)定參考譜組還可以包括已從對(duì)照動(dòng)物(從至少一種、兩種、三種或四種畜牧業(yè)條件飼養(yǎng)的動(dòng)物)的不同部分獲得的不同樣品的譜。例如，預(yù)定參考譜組可以包括至少一種蛋的譜、至少一種肉的譜(肌肉、組織、器官等)、至少一種乳的譜等。這些樣品中的每一個(gè)都可能具有其自己獨(dú)特的預(yù)定甲基化參考譜，其也構(gòu)成預(yù)定參考譜組的一部分。所述組還可以包括對(duì)于四種畜牧業(yè)技術(shù)中的每一種特異性的這些動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的每一種的預(yù)定參考譜。115、可以為來(lái)自已證實(shí)根據(jù)這4種畜牧業(yè)技術(shù)中的至少一種飼養(yǎng)的動(dòng)物的不同樣品制備預(yù)定參考譜組。在這里再一次地，可能存在針對(duì)每種產(chǎn)品的預(yù)定參考譜組，所述產(chǎn)品衍生自已根據(jù)這四種畜牧業(yè)技術(shù)中的至少一種培育的動(dòng)物。例如，預(yù)定參考譜組可以包括來(lái)自已根據(jù)屬于籠/棚圈養(yǎng)(stallhaltung)的畜牧業(yè)培育的動(dòng)物的至少一種蛋的譜、至少一種肉的譜(肌肉、組織、器官等)、至少一種乳的譜等。這些樣品中的每一個(gè)都可能具有其自己獨(dú)特的預(yù)定甲基化參考譜，其也構(gòu)成預(yù)定參考譜組的一部分。第二預(yù)定參考譜組可以包括來(lái)自已根據(jù)屬于籠/棚圈養(yǎng)升級(jí)版(stallhaltungplus)的畜牧業(yè)培育的動(dòng)物的至少一種蛋的譜、至少一種肉的譜(肌肉、組織、器官等)、至少一種乳的譜等。第三預(yù)定參考譜組可以包括來(lái)自已根據(jù)屬于室外氣候(auβenklima)的畜牧業(yè)培育的動(dòng)物的至少一種蛋的譜、至少一種肉的譜(肌肉、組織、器官等)、至少一種乳的譜等。第四預(yù)定參考譜組可以包括來(lái)自已根據(jù)屬于優(yōu)質(zhì)(premium)條件的畜牧業(yè)培育的動(dòng)物的至少一種蛋的譜、至少一種肉的譜(肌肉、組織、器官等)、至少一種乳的譜等。在一個(gè)實(shí)例中，預(yù)定參考譜組可以包括所有四種不同的組。在又另一個(gè)實(shí)例中，組可以基于在特定的、土地、國(guó)家或地理位置發(fā)現(xiàn)的不同畜牧業(yè)技術(shù)。預(yù)定參考譜組的數(shù)目可以取決于實(shí)施方法的地點(diǎn)以及國(guó)家或地區(qū)實(shí)施的動(dòng)物飼養(yǎng)和/或畜牧業(yè)技術(shù)可以是什么而變化。116、來(lái)自在特定畜牧業(yè)技術(shù)下生長(zhǎng)的動(dòng)物的不同類型的肉的甲基化譜可以是相同的。來(lái)自在特定畜牧業(yè)技術(shù)下飼養(yǎng)的動(dòng)物的不同物種的不同類型的肉的甲基化譜也可以是相同的。117、可能存在幾個(gè)預(yù)定參考譜的匯編，且將測(cè)試樣品的甲基化譜與匯編中的預(yù)定參考譜進(jìn)行比較可以使得能夠鑒定與測(cè)試樣品的甲基化譜(顯著)相似的特定預(yù)定參考譜，且然后可以證實(shí)測(cè)試樣品是否已在特殊的畜牧業(yè)技術(shù)下飼養(yǎng)。在一個(gè)實(shí)例中，預(yù)定參考譜可以包括來(lái)自已在特殊畜牧業(yè)技術(shù)下飼養(yǎng)的動(dòng)物(雞、山羊、牛、羔羊、綿羊等)的肉的不同部分(即胸部、大腿、腎、肝、肩、肋骨、腸等)的甲基化譜。118、特別地，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的預(yù)定參考甲基化譜組對(duì)于不同的測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品是特殊的。也就是說(shuō)，每個(gè)預(yù)定參考甲基化譜對(duì)于單個(gè)動(dòng)物衍生的產(chǎn)品都是特殊的。因此，預(yù)定參考甲基化譜組可以包括來(lái)自與測(cè)試動(dòng)物具有相同生物分類單位的動(dòng)物或幾個(gè)動(dòng)物的不同部分的許多不同的預(yù)定參考甲基化譜。對(duì)于不同的動(dòng)物分類單位，也將存在不同的預(yù)定參考甲基化譜組，并且對(duì)于動(dòng)物分類單位獨(dú)特的相關(guān)預(yù)定參考甲基化譜組將取決于測(cè)試動(dòng)物的動(dòng)物分類單位。119、根據(jù)本發(fā)明的另一個(gè)方面，提供了一種檢定測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品的方法，所述方法包括以下步驟：120、(a)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法，以確定所述測(cè)試動(dòng)物的測(cè)試甲基化譜；以及121、(b)將從(a)獲得的所述測(cè)試甲基化譜與從與產(chǎn)品樣品由其衍生的測(cè)試動(dòng)物具有相同生物分類單位的對(duì)照動(dòng)物獲得的參考甲基化譜進(jìn)行比較，其中所述對(duì)照動(dòng)物使用常規(guī)飼養(yǎng)技術(shù)飼養(yǎng)；122、其中(a)的所述測(cè)試甲基化譜與來(lái)自所述對(duì)照動(dòng)物的參考甲基化譜相比的差異指示所述測(cè)試動(dòng)物已經(jīng)根據(jù)有機(jī)標(biāo)準(zhǔn)飼養(yǎng)，并且所述測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品被這樣檢定。123、根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，提供了一種用于確定測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品是飼養(yǎng)的還是野生捕捉的方法，所述方法包括以下步驟：124、(a)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法，以確定所述測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的測(cè)試甲基化譜；以及125、(b)將(a)中確定的所述測(cè)試甲基化譜與一個(gè)或多個(gè)預(yù)定參考甲基化譜進(jìn)行比較，其中所述一個(gè)或多個(gè)預(yù)定參考甲基化譜中的每一個(gè)對(duì)于與所述測(cè)試動(dòng)物具有相同生物分類單位的野生捕捉的或飼養(yǎng)的主體是特異性的；126、其中如果所述測(cè)試甲基化譜與所述預(yù)定參考甲基化譜之一顯著相似，則所述測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品是野生捕捉的或飼養(yǎng)的。127、根據(jù)本發(fā)明的進(jìn)一步的方面，提供了一種確定測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品所來(lái)自的供應(yīng)商的方法，所述方法包括以下步驟：128、(a)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法，以確定所述測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的測(cè)試甲基化譜；以及129、(b)將(a)中確定的所述測(cè)試甲基化譜與所述產(chǎn)品樣品由其衍生的測(cè)試動(dòng)物的相同生物分類單位的預(yù)定參考甲基化譜組進(jìn)行比較，其中每個(gè)預(yù)定參考甲基化譜來(lái)自不同的參考動(dòng)物和/或不同的供應(yīng)商，其中如果(a)的所述測(cè)試甲基化譜與所述預(yù)定參考甲基化譜之一顯著相似，則證實(shí)所述測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品來(lái)自第一供應(yīng)商，具有預(yù)定參考譜的第一參考動(dòng)物從所述第一供應(yīng)商獲得；和/或130、其中如果(a)的所述測(cè)試甲基化譜與所述預(yù)定參考甲基化譜之一不同，則證實(shí)所述測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品不來(lái)自第一供應(yīng)商，具有預(yù)定參考譜的第一參考動(dòng)物從所述第一供應(yīng)商獲得；并且其中所述測(cè)試動(dòng)物為單胃家畜。131、根據(jù)本發(fā)明所述方面的方法可以因此使得能夠追蹤測(cè)試動(dòng)物材料所來(lái)自的原始屠宰場(chǎng)、農(nóng)場(chǎng)、產(chǎn)品、供應(yīng)商等，以及由此測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品。132、根據(jù)本發(fā)明的所述方面的方法可用于基于dna甲基化模式鑒定未知樣品(即動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品)。然后可以將這些dna甲基化模式與參考dna甲基化模式進(jìn)行比較，以將動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品追溯到由其產(chǎn)生所述樣品的屠宰場(chǎng)或農(nóng)舍，且然后確定未知樣品是否對(duì)應(yīng)于已根據(jù)按猶太教食規(guī)清潔可食的食品、清真、非按猶太教食規(guī)清潔可食的食品或非清真屠宰的動(dòng)物。以這種方式，肉的購(gòu)買者或消費(fèi)者可以證實(shí)作為按猶太教食規(guī)清潔可食的食品或清真所銷售或推銷的肉是名符其實(shí)的。133、本文使用的‘供應(yīng)商’指提供動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的實(shí)體。這可被認(rèn)為是根據(jù)本發(fā)明的任何方面的屠宰場(chǎng)，這是因?yàn)橥涝讏?chǎng)是根據(jù)特定實(shí)踐殺死動(dòng)物并且包括動(dòng)物產(chǎn)品和動(dòng)物副產(chǎn)品的不同動(dòng)物衍生的產(chǎn)品所來(lái)自的地方。屠宰場(chǎng)或屠宰設(shè)施一般屠宰動(dòng)物，且然后冷凍、熟化并將軀體切成各種肉塊，并包裝那些肉塊用于運(yùn)送給批發(fā)商和零售商。屠宰場(chǎng)也是非食物產(chǎn)品所來(lái)自的地方。供應(yīng)商可以是檢定的?！畽z定的供應(yīng)商’意指已對(duì)于質(zhì)量、商業(yè)、技術(shù)、環(huán)境、健康和安全考慮進(jìn)行評(píng)估，并接著被政府或一個(gè)或多個(gè)第三方機(jī)構(gòu)批準(zhǔn)的供應(yīng)商。在一個(gè)實(shí)例中，供應(yīng)商可能被檢定為‘清真’。這意指由所述檢定的供應(yīng)商供應(yīng)的所有動(dòng)物衍生的產(chǎn)品都將檢定為‘清真’。在另一個(gè)實(shí)例中，供應(yīng)商可能被檢定為‘按猶太教食規(guī)清潔可食的食品’。這意指由所述檢定的供應(yīng)商供應(yīng)或來(lái)自所述檢定的供應(yīng)商的所有動(dòng)物衍生的產(chǎn)品都將被檢定為‘按猶太教食規(guī)清潔可食的食品’。在動(dòng)物通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰的場(chǎng)合，供應(yīng)商被檢定為按猶太教食規(guī)清潔可食的食品或清真。此外，或者另一方面，在動(dòng)物耗盡血液的場(chǎng)合，供應(yīng)商被檢定為按猶太教食規(guī)清潔可食的食品或清真。動(dòng)物可選自牛、綿羊、山羊、駱駝、雞、鵝、鴨和火雞。134、根據(jù)本發(fā)明的這個(gè)方面使用的術(shù)語(yǔ)“預(yù)定參考譜”可以從對(duì)照主體獲得。例如，對(duì)照可以是來(lái)自已由檢定的供應(yīng)商屠宰的動(dòng)物的一塊肉。可以為每個(gè)檢定的供應(yīng)商制備預(yù)定參考譜組，其中每個(gè)預(yù)定譜對(duì)于每種已由檢定的供應(yīng)商屠宰的動(dòng)物是獨(dú)特的和/或動(dòng)物的各部分(即組織、肌肉、血液、皮膚)具有其自己唯一的預(yù)定甲基化參考譜，其也構(gòu)成預(yù)定參考譜組的一部分。不同的檢定的供應(yīng)商然后可以具有不同的預(yù)定參考譜組。例如，每個(gè)組可能對(duì)于單個(gè)動(dòng)物是特異性的，其中每個(gè)參考譜可能對(duì)于由其提取基因組材料的動(dòng)物的一部分是特殊的。當(dāng)獲得來(lái)自未知?jiǎng)游镅苌漠a(chǎn)品樣品的測(cè)試甲基化譜時(shí)，然后將其與不同的預(yù)定參考譜組進(jìn)行比較，以追蹤動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品所來(lái)自的實(shí)際動(dòng)物。如果測(cè)試甲基化譜與預(yù)定參考譜之一顯著相似，則可以確定動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品的原產(chǎn)地，并且可以對(duì)所述樣品給予適當(dāng)?shù)臋z定，或者樣品可以對(duì)于其質(zhì)量進(jìn)行檢定。如果發(fā)現(xiàn)測(cè)試甲基化譜與任何一個(gè)預(yù)定參考譜不顯著相似，則證實(shí)所述動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品不來(lái)自檢定的供應(yīng)商列表，且不能給出檢定或不能對(duì)于其質(zhì)量進(jìn)行檢定。135、例如，對(duì)照可以是具有已知檢定或食品質(zhì)量檢定的與動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品或未知樣品屬于相同物種或相同動(dòng)物分類單位的一種肉。另一方面，可以從具有已知食品質(zhì)量檢定的不同類型的肉獲得預(yù)定參考譜。在一個(gè)實(shí)例中，對(duì)照可以是作為來(lái)自第一檢定的供應(yīng)商的檢定的‘清真’的雞肉。清真雞肉可以是來(lái)自單只雞的雞的不同部分的混合物(即胸、大腿、腎、肝等)。在另一個(gè)實(shí)例中，清真雞肉可能是來(lái)自第一檢定的供應(yīng)商的幾只雞的雞的不同部分的混合物(即胸、大腿、腎、肝等)。在又另一個(gè)實(shí)例中，清真雞肉可能來(lái)自第一檢定的供應(yīng)商的單只雞的一個(gè)部分。從清真雞肉可以獲得甲基化譜作為預(yù)定參考譜(對(duì)照)，其可以通過(guò)確定測(cè)試樣品是否來(lái)自第一檢定的供應(yīng)商來(lái)用于確定測(cè)試樣品(肉)是否為清真或非清真。來(lái)自一個(gè)動(dòng)物物種的不同類型的清真肉的甲基化譜可能相同。來(lái)自不同動(dòng)物物種的不同類型的清真肉的甲基化譜也可能相同。在另一個(gè)實(shí)例中，對(duì)照可以是作為檢定的‘按猶太教食規(guī)清潔可食的食品’的雞肉。按猶太教食規(guī)清潔可食的食品雞肉可以是來(lái)自第二檢定的供應(yīng)商的單只雞的雞的不同部分的混合物(即胸、大腿、腎、肝等)。在另一個(gè)實(shí)例中，按猶太教食規(guī)清潔可食的食品雞肉可能是來(lái)自第二檢定的供應(yīng)商的幾只雞的雞的不同部分的混合物(即胸、大腿、腎、肝等)。在又另一個(gè)實(shí)例中，按猶太教食規(guī)清潔可食的食品雞肉可能來(lái)自第二檢定的供應(yīng)商的單只雞的一個(gè)部分。從按猶太教食規(guī)清潔可食的食品雞肉可以獲得甲基化譜作為預(yù)定參考譜(對(duì)照)，其可以通過(guò)首先確定測(cè)試樣品是否來(lái)自第二檢定的供應(yīng)商來(lái)用于確定測(cè)試樣品(肉)是否為按猶太教食規(guī)清潔可食的食品或非按猶太教食規(guī)清潔可食的食品。來(lái)自一個(gè)動(dòng)物物種的不同類型的按猶太教食規(guī)清潔可食的食品肉的甲基化譜可能相同。來(lái)自不同動(dòng)物物種的不同類型的按猶太教食規(guī)清潔可食的食品肉的甲基化譜也可能相同。136、可能存在幾個(gè)預(yù)定參考譜的匯編，并且將測(cè)試樣品的甲基化譜與匯編中的預(yù)定參考譜進(jìn)行比較可以使得能夠鑒定與測(cè)試樣品的甲基化譜(顯著)相似的特定預(yù)定參考譜，且然后可以將所述測(cè)試樣品追溯到其原產(chǎn)地或供應(yīng)商且由此可以推斷所述測(cè)試樣品的質(zhì)量檢定是所述預(yù)定參考譜的質(zhì)量檢定。在一個(gè)實(shí)例中，預(yù)定參考譜可以包括來(lái)自單一動(dòng)物(雞、山羊、牛、羔羊、綿羊等)或相同物種的至少兩個(gè)動(dòng)物或不同物種的至少兩個(gè)動(dòng)物的的肉的不同部分(即胸部、大腿、腎、肝、肩、肋骨、腸等)的甲基化譜。不同的獨(dú)特甲基化譜是來(lái)自特定來(lái)源的肉的參考表觀遺傳特征137、特別地，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的預(yù)定參考甲基化譜組對(duì)于不同的測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品是特殊的。也就是說(shuō)，每個(gè)預(yù)定參考甲基化譜對(duì)于來(lái)自一個(gè)獨(dú)特供應(yīng)商的一個(gè)動(dòng)物的單個(gè)動(dòng)物衍生的產(chǎn)品都是特殊的。因此，預(yù)定參考甲基化譜組可以包括來(lái)自獨(dú)特供應(yīng)商的單個(gè)動(dòng)物的不同部分的許多不同的預(yù)定參考甲基化譜、來(lái)自獨(dú)特供應(yīng)商的不同動(dòng)物的許多不同的預(yù)定參考甲基化譜以及來(lái)自不同供應(yīng)商的不同動(dòng)物的不同部分的許多不同的預(yù)定參考甲基化譜。對(duì)于不同的動(dòng)物分類單位，也將存在不同的預(yù)定參考甲基化譜組，并且對(duì)于動(dòng)物分類單位獨(dú)特的相關(guān)預(yù)定參考甲基化譜組將取決于測(cè)試動(dòng)物的動(dòng)物分類單位。138、特別地，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的第一供應(yīng)商是檢定的，并且測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品具有與由其獲得顯著相似的預(yù)定參考譜的第一參考動(dòng)物相同的檢定。139、更特別地，在動(dòng)物通過(guò)切斷雙頸動(dòng)脈、雙頸靜脈、雙迷走神經(jīng)、氣管和/或食道的橫跨喉的單切割屠宰的場(chǎng)合，根據(jù)本發(fā)明的任何方面的第一供應(yīng)商被檢定為按猶太教食規(guī)清潔可食的食品或清真。此外，或者另一方面，在動(dòng)物耗盡血液的場(chǎng)合，第一供應(yīng)商被檢定為按猶太教食規(guī)清潔可食的食品或清真。140、一種確定測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品是否衍生自適合于選擇育種的動(dòng)物的方法，所述方法包括以下步驟：141、(a)執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法，以確定所述測(cè)試動(dòng)物的測(cè)試甲基化譜；以及142、(b)將從(a)獲得的所述測(cè)試甲基化譜與從與所述產(chǎn)品樣品由其衍生的測(cè)試動(dòng)物具有相同生物分類單位的對(duì)照動(dòng)物獲得的參考甲基化譜進(jìn)行比較，其中所述對(duì)照動(dòng)物包含至少一種用于選擇育種的感興趣的表型，其中(a)的所述測(cè)試甲基化譜與來(lái)自所述對(duì)照動(dòng)物的參考甲基化譜相比的顯著相似性指示所述測(cè)試動(dòng)物適合于選擇育種；和/或143、其中(a)的所述測(cè)試甲基化譜與來(lái)自所述對(duì)照動(dòng)物的參考甲基化譜相比的差異指示所述測(cè)試動(dòng)物不適合于選擇育種；并且其中所述測(cè)試動(dòng)物為單胃家畜。144、特別地，甲基化概況分析可用于在測(cè)試動(dòng)物生長(zhǎng)的早期階段確定測(cè)試動(dòng)物是否包含感興趣的表型或?qū)⒃谳^晚階段發(fā)展感興趣的表型。因此，根據(jù)本發(fā)明所述方面的方法可以用于在早期階段確定測(cè)試動(dòng)物是否將發(fā)展感興趣的表型，而不是將所有動(dòng)物飼養(yǎng)至成年以尋找感興趣的表型。這可以節(jié)省飼養(yǎng)動(dòng)物至成年通常所需的時(shí)間和資源。根據(jù)本發(fā)明所述方面的方法提供了一種隨著時(shí)間的過(guò)去追蹤表觀遺傳模式的遺傳力的方法。145、也稱為‘動(dòng)物選擇’的如本文中所使用的術(shù)語(yǔ)‘選擇育種’指由人進(jìn)行的動(dòng)物育種過(guò)程，以通過(guò)選擇一般哪種動(dòng)物雄性和雌性將有性繁殖并共同具有后代來(lái)選擇性地開(kāi)發(fā)特定的表型性狀(特征)。關(guān)于馴化的動(dòng)物，這被稱為品種。在動(dòng)物育種中，使用諸如近交、品系繁育和異型雜交的技術(shù)。在本文中也稱為‘一種或多種感興趣的表型’的這些表型性狀指期望在選擇育種的動(dòng)物中存在的生物的表型特征的不同變體。特別地，選擇育種的動(dòng)物中感興趣的表型是育種者期望在選擇育種的動(dòng)物中存在的有價(jià)值的性狀。牛中感興趣的表型的一些例子可能是高牛奶生產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)肉等，對(duì)于雞，感興趣的表型可包括蛋、肉以及用于進(jìn)一步繁殖的新幼禽的高生產(chǎn)，其他表型可包括飼料效率(生產(chǎn)限定量的肉/蛋所需的飼料量)、肉質(zhì)量特征(質(zhì)地、味道、肌內(nèi)脂肪)、疾病抗性、生理問(wèn)題的缺乏(骨、關(guān)節(jié)或胸肉問(wèn)題)等。146、根據(jù)本發(fā)明的所述方面，術(shù)語(yǔ)參考甲基化譜可以是甲基化譜組，其中所述組中的每個(gè)甲基化譜與至少一種特定的感興趣的表型相關(guān)。例如，在雞的一個(gè)甲基化譜組中，可能存在對(duì)于產(chǎn)許多蛋的雞的一個(gè)參考甲基化譜，可能存在對(duì)于具有優(yōu)質(zhì)肉的雞的一個(gè)參考甲基化譜，可能存在對(duì)于能夠繁殖并產(chǎn)生許多后代的雞的一個(gè)參考甲基化譜。因此，雞的參考甲基化譜組可以包括針對(duì)這些感興趣的表型中的每一個(gè)的一個(gè)參考甲基化譜。147、(a)中的一個(gè)或多個(gè)預(yù)選甲基化位點(diǎn)是與組織特異性基因表達(dá)有關(guān)的甲基化位點(diǎn)，優(yōu)選地其中所述預(yù)選甲基化位點(diǎn)與一種特殊組織的基因表達(dá)有關(guān)。148、組織可以選自(i)代謝組織，例如腸道組織，所述腸道組織優(yōu)選為回腸或空腸，149、(ii)肌肉組織，150、(iii)皮膚組織，以及(iv)器官組織，所述器官組織優(yōu)選為肝和/或胰組織。151、根據(jù)本發(fā)明的又另一個(gè)方面，提供了一種用于執(zhí)行根據(jù)本發(fā)明的任何方面的方法的基于dna甲基化的陣列。技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路當(dāng)前第1頁(yè)12當(dāng)前第1頁(yè)12