發(fā)明領(lǐng)域本發(fā)明涉及基于特定的cpg位點(diǎn)組確定培育未知?jiǎng)游镅苌漠a(chǎn)品樣品的條件的方法，所述特定的cpg位點(diǎn)組提供了用于產(chǎn)生對(duì)于特殊培育條件特異性的dna甲基化譜(methylation?profile)的來源。特別地，dna甲基化概況分析(profiling)可用于確定動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的特殊培育條件。特殊的培育條件可包括有機(jī)、常規(guī)培育等，并且可基于國(guó)家和動(dòng)物類型而變化。
背景技術(shù)：
0、發(fā)明背景
1、在農(nóng)業(yè)相關(guān)動(dòng)物的環(huán)境飼養(yǎng)條件中存在顯著的變化。飼養(yǎng)動(dòng)物的條件也可影響肉特征的結(jié)果以及在其與顧客的價(jià)值一致時(shí)的肉的價(jià)值。例如，一些消費(fèi)者更喜歡有機(jī)飼養(yǎng)的雞肉，這是因?yàn)樗麄冋J(rèn)為用于有機(jī)生產(chǎn)的飼養(yǎng)標(biāo)準(zhǔn)提高了禽類的福利。另一個(gè)例子是消費(fèi)者關(guān)心他們購(gòu)買的魚是養(yǎng)殖的還是野生捕捉的以及也與養(yǎng)殖魚有關(guān)的關(guān)心，以確保減少的可干擾野生群體的逃逸。
2、目前，評(píng)估肉產(chǎn)品以基于飼養(yǎng)環(huán)境對(duì)其進(jìn)行分類是經(jīng)由檢查進(jìn)行的，其可能得到或可能得不到人工智能和/或區(qū)塊鏈技術(shù)的支持。然而，大多數(shù)評(píng)估仍然依賴于數(shù)據(jù)記錄。在一些情況中，如果不同飼養(yǎng)類別中所用的動(dòng)物的品系且因而遺傳背景不同，則可利用遺傳測(cè)試。例如，肉用仔雞(broiler?chickens)的生長(zhǎng)緩慢的品系與常規(guī)生產(chǎn)中使用的超高生長(zhǎng)效率品系不同。
3、然而，動(dòng)物的遺傳測(cè)試將不足以評(píng)估特定品系的動(dòng)物是否確實(shí)是在將其歸類為常規(guī)、有機(jī)、養(yǎng)殖或野生捕捉的環(huán)境中飼養(yǎng)的。例如，如果在沒有降低的放養(yǎng)密度(stockingdensity)、接觸戶外活動(dòng)、豐容(enrichment)或非-gmo飼料的情況下飼養(yǎng)生長(zhǎng)緩慢的肉用仔雞品系，那么遺傳測(cè)試將不能確定這一點(diǎn)。同樣地，如果養(yǎng)殖魚品系逃逸且后來被商業(yè)捕魚捕獲，那么單獨(dú)的遺傳測(cè)試將對(duì)那些魚進(jìn)行錯(cuò)誤的分類。因此，仍然需要對(duì)肉產(chǎn)品的科學(xué)評(píng)估，其確保基于環(huán)境飼養(yǎng)條件進(jìn)行適當(dāng)?shù)姆诸悺?/p>
4、表觀遺傳學(xué)是由除構(gòu)成基礎(chǔ)的dna序列中的變化之外的機(jī)制引起的遺傳性狀的研究。換句話說，表觀遺傳標(biāo)記“和諧地安排(orchestrate)”我們的基因。表觀遺傳標(biāo)記可以是化學(xué)標(biāo)記(例如甲基化)、基于蛋白的標(biāo)記(例如組蛋白)或兩者的組合。在發(fā)育和細(xì)胞分化過程中，dna甲基化是動(dòng)態(tài)的，但一些dna甲基化模式可作為表觀遺傳記憶的形式保持，累積和/或遺傳到下一代。那些變化可能負(fù)責(zé)基因活性的可遺傳變化，這是因?yàn)橐驯砻鱠na甲基化事件是與基因沉默、表達(dá)、染色質(zhì)重建或印記有關(guān)的調(diào)節(jié)機(jī)制。表觀遺傳學(xué)對(duì)動(dòng)物育種具有吸引力，這是因?yàn)槠淇梢澡b定復(fù)雜性狀和疾病的因果關(guān)系和遺傳力。dna甲基化模式在個(gè)體的生命過程中由環(huán)境力量如除了別的以外的飲食、應(yīng)激、藥物或污染修飾。一些環(huán)境更可能增加某些甲基化模式，且這些模式可有助于個(gè)體之間的表觀遺傳和/或表型變異。
5、最近的研究已表明，動(dòng)物的dna甲基化模式含有關(guān)于其飼養(yǎng)條件的重要信息。例如，對(duì)dna水平的全基因組甲基化和變異模式的比較揭示，相當(dāng)大比例的表觀遺傳變異可與適合性和環(huán)境差異有關(guān)，例如鮭魚的圈養(yǎng)(captivity)(le?luyer?j等人.2017pnas?vol114,no?49)。
6、koop等人和rhein等人也分別證實(shí)，甲基化模式在死后被維持，并且無論樣品的分解水平如何都是一致的。仍然影響樣品甲基化模式的僅有的方面之一將是樣品中發(fā)現(xiàn)的dna完整性和dna的量(koop等人,2021international?journal?of?legal?medicine?135:167-173和rhein等人,2015frontiers?in?genetics?6:182)。
7、鑒于上述情況，仍然存在迫切的需要以提供可能使用表觀遺傳學(xué)用于鑒定和控制來自在不同條件下飼養(yǎng)的動(dòng)物的動(dòng)物衍生的產(chǎn)品的標(biāo)記的方法，特別是食物且更特別地是動(dòng)物材料，其被衍生以滿足消費(fèi)者的生活標(biāo)準(zhǔn)和飲食選擇。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1.檢定測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品的方法，所述方法包括以下步驟：
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中在步驟(b)中，
3.證實(shí)測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品的檢定的方法，所述測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品已被檢定為衍生自已在特殊類型的畜牧業(yè)下培育的測(cè)試動(dòng)物，所述方法包括以下步驟：
4.確定測(cè)試動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品是否從已在特殊類型的畜牧業(yè)下培育的測(cè)試動(dòng)物獲得的方法，所述方法包括以下步驟：
5.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述培育所述對(duì)照和/或測(cè)試動(dòng)物的特殊類型的畜牧業(yè)選自至少：
6.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述家畜包括陸生家畜和水生家畜。
7.根據(jù)權(quán)利要求中6所述的方法，其中所述水生家畜選自鯉魚、鮭類、羅非魚、鯰魚、海水和半咸水魚、甲魚、澳洲肺魚、海蝦、中華絨蝥蟹、大理石紋鰲蝦和其他十足類甲殼動(dòng)物、雙殼類、腹足類，且所述陸生家畜選自牛、山羊、綿羊、豬、馬、驢、兔和騾和/或選自雞、火雞、鴨、鵝和鵪鶉的家禽。
8.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述動(dòng)物衍生的產(chǎn)品是肉、肌肉、至少一種器官、乳、膠原、羽毛、血和/或骨。
9.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法，其中(a)中的一個(gè)或多個(gè)預(yù)選甲基化位點(diǎn)是與組織特異性基因表達(dá)有關(guān)的甲基化位點(diǎn)，優(yōu)選地其中所述預(yù)選甲基化位點(diǎn)與一種特殊組織的基因表達(dá)有關(guān)。
10.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述一個(gè)或多個(gè)預(yù)選甲基化位點(diǎn)選自表2a和2b中的cpg位點(diǎn)列表。
11.dna甲基化概況分析用于檢定動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品的用途，其中所述動(dòng)物衍生的產(chǎn)品樣品的檢定基于已在特殊類型的畜牧業(yè)下培育的動(dòng)物，并且其中所述dna甲基化概況分析包括以下步驟：
12.根據(jù)權(quán)利要求中11所述的用途，其中所述培育所述對(duì)照和/或測(cè)試動(dòng)物的特殊類型的畜牧業(yè)選自至少：